Anders Krogh

Anders Krogh

Professor

ORCID: 0000-0002-5147-6282

Udgivelsesår:
Alle
1 - 106 ud af 106Pr. side: 500
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2023
  2. Udgivet

    N-of-one differential gene expression without control samples using a deep generative model

    Prada Luengo, Inigo, Schuster, Viktoria, Liang, Yuhu, Terkelsen, Thilde Bagger, Sora, Valentina & Krogh, Anders, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 17 s., 263.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Synthetic Data Generation by Artificial Intelligence to Accelerate Research and Precision Medicine in Hematology

    D'Amico, S., Dall'Olio, D., Sala, C., Dall'Olio, L., Sauta, E., Zampini, M., Asti, G., Lanino, L., Maggioni, G., Campagna, A., Ubezio, M., Russo, A., Bicchieri, M. E., Riva, E., Tentori, C. A., Travaglino, E., Morandini, P., Savevski, V., Santoro, A., Prada-Luengo, I. & 9 flere, Krogh, Anders, Santini, V., Kordasti, S., Platzbecker, U., Diez-Campelo, M., Fenaux, P., Haferlach, T., Castellani, G. & Della Porta, M. G., 2023, I: JCO clinical cancer informatics. 7, s. 1-22 e2300021.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data

    Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, 2023, I: Bioinformatics. 39, 9, 14 s., btad497.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. 2022
  6. Udgivet

    Context dependency of nucleotide probabilities and variants in human DNA

    Liang, Yuhu, Grønbæk, Christian, Fariselli, P. & Krogh, Anders, 2022, I: BMC Genomics. 23, 1, 15 s., 87.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    Context dependent prediction in DNA sequence using neural networks

    Grønbæk, Christian, Liang, Yuhu, Elliott, Desmond & Krogh, Anders, 2022, I: PeerJ. 10, 22 s., e13666.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. 2021
  9. Udgivet

    A manifold learning perspective on representation learning: Learning decoder and representations without an encoder

    Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, nov. 2021, I: Entropy. 23, 11, 14 s., 1403.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    High-throughput proteomics of breast cancer interstitial fluid: identification of tumor subtype-specific serologically relevant biomarkers

    Terkelsen, T., Pernemalm, M., Gromov, P., Borresen-Dale, A., Krogh, Anders, Haakensen, V. D., Lethio, J., Papaleo, E. & Gromova, I., 2021, I: Molecular Oncology. 15, 2, s. 429-461 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. 2020
  12. Udgivet

    CAncer bioMarker Prediction Pipeline (CAMPP) - A standardized framework for the analysis of quantitative biological data

    Terkelsen, T., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: PLOS Computational Biology. 16, 3, 20 s., e1007665.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    Secreted breast tumor interstitial fluid microRNAs and their target genes are associated with triple-negative breast cancer, tumor grade, and immune infiltration

    Terkelsen, T., Russo, F., Gromov, P., Haakensen, V. D., Brunak, Søren, Gromova, I., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: Breast Cancer Research. 22, 1, 36 s., 73.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    Taxonomic classification method for metagenomics based on core protein families with Core-Kaiju

    Tovo, A., Menzel, P., Krogh, Anders, Cosentino Lagomarsino, M. & Suweis, S., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 16, 13 s., e93.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. 2019
  16. Udgivet

    Sensitive detection of circular DNAs at single-nucleotide resolution using guided realignment of partially aligned reads

    Prada Luengo, Inigo, Krogh, Anders, Sørensen, L. M. & Regenberg, Birgitte, 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 663.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. 2018
  18. Udgivet

    Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs

    Sibbesen, Jonas Andreas, Maretty, L., Krogh, Anders, Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Guo, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J. & Brunak, Søren, 2018, I: Nature Genetics. 50, s. 1054-1059 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Benchmarking the HLA typing performance of Polysolver and Optitype in 50 Danish parental trios

    Matey-Hernandez, M. L., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Sun, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff & Kristiansen, Karsten, 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, s. 1-12 239.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History

    Liu, S., Huang, S., Chen, F., Zhao, L., Yuan, Y., Francis, S. S., Fang, L., Li, Z., Lin, L., Liu, R., Zhang, Y., Xu, H., Li, S., Zhou, Y., Davies, R. W., Liu, Q., Walters, R. G., Lin, K., Ju, J., Komeliussen, T. & 18 flere, Yang, M. A., Fu, Q., Wang, J., Zhou, L., Krogh, Anders, Zhang, H., Wang, W., Chen, Z., Cai, Z., Yin, Y., Yang, H., Mao, M., Shendure, J., Wang, J., Albrechtsen, Anders, Jin, X., Nielsen, Rasmus & Xu, X., 2018, I: Cell. 175, 2, s. 347-359, e1-e7

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. 2017
  22. Udgivet

    Sugar metabolism of the first thermophilic Planctomycete Thermogutta terrifontis: comparative genomic and transcriptomic approaches

    Elcheninov, A. G., Menzel, P., Gudbergsdottir, S. R., Slesarev, A. I., Kadnikov, V. V., Krogh, Anders, Bonch-Osmolovskaya, E. A., Peng, Xu & Kublanov, I. V., 2 nov. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 11 s., 2140.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Assembly and analysis of 100 full MHC haplotypes from the Danish population

    Jensen, J. M., Villesen, P., Friborg, R. M., Mailund, T., Besenbacher, S., Sørensen, L. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R. & 39 flere, Ye, W., Rao, J., Guo, X., Sun, J., Cao, H., Ye, C., Beusekom, J. V., Espeseth, T., Flindt, E., Halager, A. E., Hellard, S. L., Hultman, C. M., Lescai, F., Li, S., Lund, O., Løngren, P., Matey-Hernandez, M. L., Mors, O., Pedersen, C. N. S., Sicheritz-Pontén, T., Sullivan, P., Syed, A., Westergaard, D., Yadav, R., Li, N., Xu, X., Hansen, Torben, Bolund, L., Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Gupta, R., Rasmussen, Simon, Børglum, A. D., Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren & Schierup, M. H., sep. 2017, I: Genome Research. 27, 9, s. 1597-1607 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Udgivet

    Highly accessible AU-rich regions in 3' untranslated regions are hotspots for binding of regulatory factors

    Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 14 apr. 2017, I: PLoS Computational Biology. 13, 4, 26 s., e1005460.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion

    Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Udgivet

    Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference

    Sørensen, L. M., Jensen, J. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Villesen, P., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R., Ye, W., Rao, J., Guo, X. & 39 flere, Sun, J., Cao, H., Ye, C., van Beusekom, J., Espeseth, T., Flindt, E., Friborg, R. M., Halager, A. E., Le Hellard, S., Hultman, C. M., Lescai, F., Li, S., Lund, O., Løngren, P., Mailund, T., Matey-Hernandez, M. L., Mors, O., Pedersen, C. N. S., Sicheritz-Pontén, T., Sullivan, P., Syed, A., Westergaard, David, Yadav, R., Li, N., Xu, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Bolund, L., Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Gupta, R., Rasmussen, Simon, Besenbacher, S., Børglum, A. D., Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren & Schierup, M. H., 2017, I: Nature. 548, 7665, s. 87-91 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  27. 2016
  28. Udgivet

    Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju

    Menzel, P., Ng, K. L. & Krogh, Anders, 2016, I: Nature Communications. 7, 9 s., 11257.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  29. Udgivet

    Novel viral genomes identified from six metagenomes reveal wide distribution of archaeal viruses and high viral diversity in terrestrial hot springs

    Islin, S. R., Menzel, P., Krogh, Anders, Young, M. & Peng, Xu, 2016, I: Environmental Microbiology. 18, 3, s. 863-874 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    RNA sequencing of trigeminal ganglia in Rattus Norvegicus after glyceryl trinitrate infusion with relevance to migraine

    Pedersen, S. H., Sørensen, L. M., Ramachandran, R., Sibbesen, Jonas Andreas, Yakimov, V., Christensen, R. E., Hansen, Thomas Folkmann, Krogh, Anders, Olesen, Jes & Olesen, I. J., 2016, I: P L o S One. 11, 5, 13 s., e0155039.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. 2015
  32. Udgivet

    De novo assembly of a haplotype-resolved human genome

    Cao, H., Wu, H., Luo, R., Huang, S., Sun, Y., Tong, X., Xie, Y., Liu, B., Yang, H., Zheng, H., Li, J., Li, B., Wang, Y., Yang, F., Sun, P., Liu, S., Gao, P., Huang, H., Sun, J., Chen, D. & 21 flere, He, G., Huang, W., Huang, Z., Li, Y., Tellier, L. C. A. M., Liu, X., Feng, Q., Xu, X., Zhang, X., Bolund, L., Krogh, Anders, Kristiansen, Karsten, Drmanac, R., Drmanac, S., Nielsen, R., Li, S., Wang, J., Yang, H., Li, Y., Wong, G. K. & Wang, J., 2015, I: Nature Biotechnology. 33, 6, s. 617-626 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Udgivet

    Drosophila Imp iCLIP identifies an RNA assemblage coordinating F-actin formation

    Hansen, H. T., Rasmussen, S. H., Adolph, S. K., Plass, M., Krogh, Anders, Sanford, J., Nielsen, Finn Cilius & Christiansen, Jan, 2015, I: Genome Biology (Online Edition). 16, 16 s., 123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  34. Udgivet

    Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

    Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  35. Udgivet

    Comparative metagenomics of eight geographically remote terrestrial hot springs

    Menzel, P., Islin, S. R., Rike, A. G., Lin, L., Zhang, Q., Contursi, P., Moracci, M., Kristjansson, J. K., Bolduc, B., Gavrilov, S., Ravin, N., Mardanov, A., Bonch-Osmolovskaya, E., Young, M., Krogh, Anders & Peng, Xu, 2015, I: Microbial Ecology. 70, 2, s. 411-424 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  36. Udgivet

    Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale

    Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Belling, K. G. & Rasmussen, Simon, 2015, I: GigaScience. 4, 13 s., 64.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  37. Udgivet

    Novel variation and de novo mutation rates in population-wide de novo assembled Danish trios

    Besenbacher, S., Liu, S., Gonzalez-Izarzugaza, J. M., Grove, J., Belling, K. G., Bork-Jensen, J., Huang, S., Als, T. D., Li, S., Yadav, R., Rubio García, A., Lescai, F., Demontis, D., Rao, J., Ye, W., Mailund, T., Møllegaard Friborg, R., Pedersen, C. N. S., Xu, R., Sun, J. & 27 flere, Liu, H., Wang, O., Cheng, X., Flores, D., Rydza, E. K., Rapacki, K., Sørensen, J. D., Chmura, P. J., Westergaard, David, Dworzynski, P., Sørensen, Thorkild I.A., Lund, O., Hansen, Torben, Xu, X., Li, N., Bolund, L., Pedersen, Oluf Borbye, Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Krogh, Anders, Børglum, A. D., Brunak, Søren, Kristiansen, Karsten, Schierup, M. H., Wang, J., Gupta, R., Villesen, P. & Rasmussen, Simon, 2015, I: Nature Communications. 6, 9 s., 5969.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. Udgivet

    SHAPE selection (SHAPES) enrich for RNA structure signal in SHAPE sequencing-based probing data

    Poulsen, L. D., Kielpinski, L. J., Salama, S. R., Krogh, Anders & Vinther, Jeppe, 2015, I: R N A. 21, 5, s. 1042-1052 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  39. Udgivet

    Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response

    Wen, J., Leucci, E., Vendramin, R., Kauppinen, S., Lund, Anders H., Krogh, Anders & Parker, B. J., 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 13, s. 6207-6221 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. 2014
  41. Udgivet

    Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients

    Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. Udgivet

    Adaptable probabilistic mapping of short reads using position specific scoring matrices

    Kerpedjiev, P., Frellsen, J., Lindgreen, S. & Krogh, Anders, 2014, I: B M C Bioinformatics. 15, 17 s., 15:100.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  43. Udgivet

    Adaptations to a subterranean environment and longevity revealed by the analysis of mole rat genomes

    Fang, X., Seim, I., Huang, Z., Gerashchenko, M. V., Xiong, Z., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lobanov, A. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Ma, S., Yang, L., Lee, S-G., Kim, E. B., Bronson, R. T., Sumbera, R., Buffenstein, R., Zhou, X., Krogh, A. & 4 flere, Park, T. J., KU, thw266, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2014, I: Cell Reports. 8, 5, s. 1354-1364 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. Udgivet

    Algorithms for mapping high-throughput DNA sequences

    Frellsen, J., Menzel, P. & Krogh, Anders, 2014, Comprehensive Biomedical Physics: Bioinformatics. Brahme, A. (red.). Elsevier, Bind 6. s. 41-50 10 s. (Reference Module in Biomedical Sciences, Bind 6).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  45. Udgivet

    Alternative polyadenylation of tumor suppressor genes in small intestinal neuroendocrine tumors

    Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Døssing, K., Knigge, Ulrich, Kjær, Andreas, Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2014, I: Frontiers in Endocrinology. 5, 10 s., 46.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  46. Udgivet

    Bayesian transcriptome assembly

    Sørensen, L. M., Sibbesen, Jonas Andreas & Krogh, Anders, 2014, I: Genome Biology (Online Edition). 15, 10, 11 s., 501.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. Udgivet

    Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax

    Fang, X., Nevo, E., Han, L., Levanon, E. Y., Zhao, J., Avivi, A., Larkin, D., Jiang, X., Feranchuk, S., Zhu, Y., Fishman, A., Feng, Y., Sher, N., Xiong, Z., Hankeln, T., Huang, Z., Gorbunova, V., Zhang, L., Zhao, W., Wildman, D. E. & 33 flere, Xiong, Y., Gudkov, A., Zheng, Q., Rechavi, G., Liu, S., Bazak, L., Chen, J., Knisbacher, B. A., Lu, Y., Shams, I., Gajda, K., Farre, M., Kim, J., Lewin, H. A., Ma, J., Band, M., Bicker, A., Kranz, A., Mattheus, T., Schmidt, H., Seluanov, A., Azpurua, J., McGowen, M. R., Ben Jacob, E., Li, K., Peng, S., Zhu, X., Liao, X., Li, S., Krogh, Anders, Zhou, X., Brodsky, L. & Wang, J., 2014, I: Nature Communications. 5, 9 s., 3966.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. Udgivet

    Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

    Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E. & 1 flere, Orlando, L. A. A., 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  49. Udgivet

    Rapid detection of structural variation in a human genome using nanochannel-based genome mapping technology

    Cao, H., Hastie, A. R., Cao, D., Lam, E. T., Sun, Y., Huang, H., Liu, X., Lin, L., Andrews, W., Chan, S., Huang, S., Tong, X., Requa, M., Anantharaman, T., Krogh, Anders, Yang, H., Cao, H. & Xu, X., 2014, I: GigaScience. 3, 11 s., 34.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. Udgivet

    SNPest: a probabilistic graphical model for estimating genotypes

    Lindgreen, S., Krogh, Anders & Pedersen, J. S., 2014, I: BMC Research Notes. 7, 12 s., 298.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  51. Udgivet

    Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization

    Qin, C., Yu, C., Shen, Y., Fang, X., Chen, L., Min, J., Cheng, J., Zhao, S., Xu, M., Luo, Y., Yang, Y., Wu, Z., Mao, L., Wu, H., Ling-Hu, C., Zhou, H., Lin, H., Gonzalez-Morales, S., Trejo-Saavedra, D. L., Tian, H. & 53 flere, Tang, X., Zhao, M., Huang, Z., Zhou, A., Yao, X., Cui, J., Li, W., Chen, Z., Feng, Y., Niu, Y., Bi, S., Yang, X., Li, W., Cai, H., Luo, X., Montes-Hernandez, S., Leyva-Gonzalez, M. A., Xiong, Z., He, X., Bai, L., Tan, S., Tang, X., Liu, D., Liu, J., Zhang, S., Chen, M., Zhang, L., Zhang, L., Zhang, Y., Liao, W., Zhang, Y., Wang, M., Lv, X., Wen, B., Liu, H., Luan, H., Zhang, Y., Yang, S., Wang, X., Xu, J., Li, X., Li, S., Wang, J., Palloix, A., Bosland, P. W., Li, Y., Krogh, Anders, Rivera-Bustamante, R. F., Herrera-Estrella, L., Yin, Y., Yu, J., Hu, K. & Zhang, Z., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 14, s. 5135-5140 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  52. 2013
  53. Udgivet

    Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen

    Martin, M. D., Cappellini, Enrico, Samaniego Castruita, J. A., Zepeda Mendoza, M. L., Campos, P., Seguin-Orlando, A., Wales, N., Orlando, L. A. A., Ho, S. Y. W., Dietrich, F. S., Mieczkowski, P. A., Heitman, J., Willerslev, Eske, Krogh, Anders, Ristaino, J. B. & Gilbert, M Thomas P, 18 jul. 2013, I: Nature Communications. 4, 7 s., 2172.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  54. Udgivet

    Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse

    Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, Dolocan, A., Stenderup, Jesper Tandberg, Velazquez, A. M. V., Cahill, J., Rasmussen, M., Wang, X., Min, J., Zazula, G. D., Seguin-Orlando, A., Mortensen, C., Magnussen, K., Thompson, J. F., Weinstock, J., Gregersen, K., Røed, K. H., Eisenmann, V., Rubin, C. J., Miller, D. C., Antczak, D. F., Bertelsen, M. F., Brunak, S., Al-Rasheid, K. A. S., Ryder, O., Andersson, L., Mundy, J., Krogh, Anders, Gilbert, M Thomas P, Kjær, Kurt H., Sicheritz-Pontén, T., Jensen, Lars Juhl, Olsen, Jesper Velgaard, Hofreiter, M., Nielsen, R., Shapiro, B., Wang, J. & Willerslev, Eske, 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  55. Udgivet

    A short-read multiplex sequencing method for reliable, cost-effective and high-throughput genotyping in large-scale studies: [plus] Erratum

    Cao, H., Wang, Y., Zhang, W., Chai, X., Zhang, X., Chen, S., Yang, F., Zhang, C., Guo, Y., Liu, Y., Tang, Z., Chen, C., Xue, Y., Zhen, H., Xu, Y., Rao, B., Liu, T., Zhao, M., Zhang, W., Li, Y. & 6 flere, Zhang, X., Tellier, L. C. A. M., Krogh, Anders, Kristiansen, Karsten, Wang, J. & Li, J., 2013, I: Human Mutation. 34, 12, s. 1715-1720 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  56. Udgivet

    Alterations in polyadenylation and its implications for endocrine disease

    Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: Frontiers in Endocrinology. 4, 23 s., 53.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  57. Udgivet

    Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii

    Seim, I., Fang, X., Xiong, Z., Lobanov, A. V., Huang, Z., Ma, S., Feng, Y., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lenz, T. L., Gerashchenko, M. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Jordan, D., Xiong, Y., Ma, Y., Lyapunov, A. N., Chen, G., Kulakova, O. I. & 9 flere, Sun, Y., Lee, S., Bronson, R. T., Moskalev, A. A., Sunyaev, S. R., Zhang, G., Krogh, Anders, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2013, I: Nature Communications. 4, 8 s., 2212.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  58. Udgivet

    Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts

    Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  59. Udgivet

    Loss of miR-10a activates Lpo and collaborates with activated Wnt signaling in inducing intestinal Neoplasia in female mice

    Stadthagen Gomez, G., Tehler, D. E., Høyland-Kroghsbo, Nina Molin, Wen, J., Krogh, Anders, Jensen, K. T., Santoni Rugiu, Eric, Engelholm, Lars Henning & Lund, Anders H., 2013, I: P L o S Genetics. 9, 10, 12 s., e1003913.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  60. Udgivet

    On the accuracy of short read mapping

    Menzel, K. P., Frellsen, J., Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 2013, Deep Sequencing Data Analysis. Shomron, N. (red.). Springer Science+Business Media, s. 39-59 21 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1038).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  61. Udgivet

    cWords - systematic microRNA regulatory motif discovery from mRNA expression data

    Rasmussen, S. H., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2013, I: Silence. 4, 2, 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  62. 2012
  63. Udgivet

    Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes

    Schubert, Mikkel, Ginolhac, A., Lindgreen, S., Thompson, J. F., Al-Rasheid, K. A. S., Willerslev, Eske, Krogh, Anders & Orlando, L. A. A., 2012, I: BMC Genomics. 13, 15 s., 178.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  64. Udgivet

    Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

    Weischenfeldt, Joachim Lütken, Waage, J. E., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, Karsten, Krogh, Anders, Wang, J. & Porse, Bo Torben, 2012, I: Genome Biology (Online Edition). 13, 5, 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  65. Udgivet

    microRNA-143 down-regulates Hexokinase 2 in colon cancer cells

    Gregersen, Lea Haarup, Jacobsen, A., Frankel, Lisa, Wen, J., Krogh, Anders & Lund, Anders H., 2012, I: B M C Cancer. 12, 232, 23 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  66. Udgivet

    microRNA-146a inhibits G protein-coupled receptor-mediated activation of NF-κB by targeting CARD10 and COPS8 in gastric cancer

    Crone, S. G., Jacobsen, A., Federspiel, B., Bardram, L., Krogh, Anders, Lund, Anders H. & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2012, I: Molecular Cancer. 11, 71, s. 71 31 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  67. 2011
  68. Udgivet

    An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia

    Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, Moreno Mayar, J. Víctor, Muller, C., Dortch, J., Gilbert, M Thomas P, Lund, O., Wesolowska, A., Karmin, M., Weinert, L. A., Wang, B., Li, J., Tai, S., Xiao, F., Hanihara, T., van Driem, G., Jha, A. R., Ricaut, F., de Knijff, P., Migliano, A. B., Gallego Romero, I., Kristiansen, Karsten, Lambert, D. M., Brunak, Søren, Forster, P., Brinkmann, B., Nehlich, O., Bunce, M., Richards, M., Gupta, R., Bustamante, C. D., Krogh, Anders, Foley, R. A., Lahr, M. M., Balloux, F., Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Wang, J. & Willerslev, Eske, 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  69. Udgivet

    MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action

    Wen, J., Parker, B. J., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2011, I: R N A. 17, 5, s. 820-34 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  70. Udgivet

    The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming

    Nygaard, S., Zhang, G., Schiøtt, M., Li, C., Wurm, Y., Hu, H., Zhou, J., Ji, L., Qiu, F., Rasmussen, M., Pan, H., Hauser, Frank, Krogh, Anders, Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), Wang, J. & Boomsma, Jacobus J., 2011, I: Genome Research. 21, 8, s. 1339-1348 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  71. Udgivet

    miR-449 inhibits cell proliferation and is down-regulated in gastric cancer

    Bou Kheir, T., Futoma-Kazmierczak, E., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Bardram, L., Hother, C., Grønbæk, Kirsten, Federspiel, B., Lund, Anders H. & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2011, I: Molecular Cancer. 10, s. 1-12 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  72. Udgivet

    microRNA-101 is a potent inhibitor of autophagy

    Frankel, Lisa, Wen, J., Lees, M., Høyer-Hansen, M., Farkas, T., Krogh, Anders, Jäättelä, M. & Lund, Anders H., 2011, I: E M B O Journal. 30, s. 4628-4641 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  73. 2010
  74. Udgivet

    Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes

    Nygaard, S., Braunstein, A., Malsen, G., Van Dongen, S., Gardner, P. P., Krogh, Anders, Otto, T. D., Pain, A., Berriman, M., McAuliffe, J., Dermitzakis, E. T. & Jeffares, D. C., 1 sep. 2010, I: P L o S Genetics. 6, 9

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  75. Udgivet

    Signatures of RNA binding proteins globally coupled to effective microRNA target sites

    Jacobsen, A., Wen, J., Marks, D. S. & Krogh, Anders, 1 aug. 2010, I: Genome Research. 20, 8, s. 1010-9 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  76. Udgivet

    Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo

    Rasmussen, M., Li, Y., Lindgreen, S., Pedersen, J. S., Albrechtsen, A., Moltke, I., Metspalu, M., Metspalu, E., Kivisild, T., Gupta, R., Bertalan, M., Nielsen, K., Gilbert, T., Wang, Y., Raghavan, M., Campos, P., Kamp, H. L. M., Wilson, A. S., Gledhill, A., Tridico, S. & 32 flere, Bunce, M., Lorenzen, Eline, Binladen, J. K. M. A., Guo, X., Zhao, J., Zhang, X., Zhang, H., Li, Z., Chen, M., Orlando, L. A. A., Kristiansen, Karsten, Bak, M., Tommerup, Niels, Bendixen, C., Pierre, T. L., Grønnow, B., Meldgaard, Morten, Andreasen, C., Fedorova, S. A., Osipova, L. P., Higham, T. F. G., Ramsey, C. B., Hansen, Thomas van Overeem, Nielsen, Finn Cilius, Crawford, M. H., Brunak, Søren, Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Krogh, Anders, Wang, J. & Willerslev, Eske, 11 feb. 2010, I: Nature. 463, 7282, s. 757-762 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  77. Udgivet

    MicroRNA-145 targets YES and STAT1 in colon cancer cells

    Gregersen, Lea Haarup, Jacobsen, A. B., Frankel, Lisa, Wen, J., Krogh, Anders & Lund, Anders H., 2010, I: PLoS ONE. 5, 1, s. e8836

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  78. Udgivet

    miRMaid: a unified programming interface for microRNA data resources

    Jacobsen, A., Krogh, Anders, Kauppinen, S. & Lindow, M., 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, s. 29

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  79. 2009
  80. Udgivet

    CCHMM_PROF: a HMM-based coiled-coil predictor with evolutionary information

    Bartoli, L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2009, I: Bioinformatics. 25, 21, s. 2757-63 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  81. Udgivet

    Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

    Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  82. Udgivet

    Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE

    Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, Hayashizaki, Y., Gustincich, S., Sandelin, Albin Gustav & Carninci, P., 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  83. Udgivet

    Identification and analysis of miRNAs in human breast cancer and teratoma samples using deep sequencing

    Nygaard, S., Jacobsen, A., Lindow, M., Eriksen, J., Balslev, E., Flyger, H., Tolstrup, N., Moller, S., Krogh, Anders & Litman, T., 2009, I: B M C Medical Genomics. 2, 1, s. 35

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  84. Udgivet

    The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line

    Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, Asahara, H., Bailey, T., Bajic, V. B., Bauer, D., Beckhouse, A. G., Bertin, N., Björkegren, J., Brombacher, F., Bulger, E., Chalk, A. M., Chiba, J., Cloonan, N., Dawe, A., Dostie, J., Engström, P. G., Essack, M., Faulkner, G. J., Fink, J. L., Fredman, D., Fujimori, K., Furuno, M., Gojobori, T., Gough, J., Grimmond, S. M., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Nygaard, S., Sandelin, Albin Gustav, Valen, E., Winther, Ole & Riken Omics Science Center, R. O. S. C., 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  85. 2008
  86. Udgivet

    57miRNA regulation during oncogene-induced senescence


    Christoffersen, N. R., Frankel, Lisa, Klausen, M., Jacobsen, A., Krogh, Anders & Lund, Anders H., maj 2008.

    Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

  87. Udgivet

    A generative, probabilistic model of local protein structure

    Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  88. Udgivet

    Asap: a framework for over-representation statistics for transcription factor binding sites.

    Marstrand, T. T., Frellsen, J., Moltke, Ida, Thiim, M., Valen, E., Retelska, D. & Krogh, Anders, 2008, I: PLoS ONE. 3, 2, s. e1623

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  89. Udgivet

    BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery

    Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  90. Udgivet

    Hidden Markov models for prediction of protein features.

    Bystroff, C. & Krogh, Anders, 2008, I: Methods in Molecular Biology. 413, s. 173-98 25 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  91. Udgivet

    JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.

    Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  92. Udgivet

    Modeling promoter grammars with evolving hidden Markov models

    Won, K., Sandelin, Albin Gustav, Marstrand, T. T. & Krogh, Anders, 2008, I: Bioinformatics. 24, 15, s. 1669-75 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  93. Udgivet

    What are artificial neural networks?

    Krogh, Anders, 2008, I: Nature Biotechnology. 26, 2, s. 195-7 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  94. 2007
  95. Udgivet

    A code for transcription initiation in mammalian genomes

    Frith, M. C., Valen, E. D., Krogh, Anders, Hayashizaki, Y., Carninci, P. & Sandelin, Albin Gustav, 2007, I: Genome Research. 18, 1, s. 1-12 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  96. Udgivet

    Advantages of combined transmembrane topology and signal peptide prediction--the Phobius web server.

    Käll, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L. L., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, Web Server issue, s. W429-32

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  97. Udgivet

    An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.

    Won, K., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, s. 357

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  98. Udgivet

    Intragenomic matching reveals a huge potential for miRNA-mediated regulation in plants.

    Lindow, M., Jacobsen, A., Nygaard, S., Mang, Y. & Krogh, Anders, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 11, s. e238

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  99. Udgivet

    MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing.

    Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: Bioinformatics. 23, 24, s. 3304-11 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  100. Udgivet

    Molecular composition of IMP1 ribonucleoprotein granules.

    Jønson, L., Vikesaa, J., Krogh, Anders, Nielsen, Lars Kamp, Hansen, T. V., Borup, R., Johnsen, A. H., Christiansen, Jan & Nielsen, Finn Cilius, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 5, s. 798-811 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  101. Udgivet

    Multiple alignment and structure prediction of non-coding RNA sequences

    Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, Suppl. 8, 1 s., P8.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  102. Udgivet

    Prediction of Structurally-Determined Coiled-Coil Domains with Hidden Markov Models

    Fariselli, P., Molinini, D., Casadio, R. & Krogh, Anders, 2007, Bioinformatics Research and Development: First International Conference, BIRD 2007 Proceedings. Hochreiter, S. & Wagner, R. (red.). Springer, s. 292-302 11 s. (Lecture Notes in Bioinformatics, Bind 4414).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  103. 2006
  104. Udgivet

    A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays

    Terkelsen, K. M., Gardner, P. P., Arctander, P. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 239

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  105. Udgivet

    Automatic generation of gene finders for eukaryotic species

    Terkelsen, K. M. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 263

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  106. Udgivet

    Evolving the structure of hidden Markov Models

    won, K. J., Prugel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2006, I: IEEE Transactions on Evolutionary Computation. 10, 1, s. 39-49

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  107. Udgivet

    Measuring covariation in RNA alignments: Physical realism improves information measures

    Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2006, I: Bioinformatics. 22, 24, s. 2988-2995 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  108. Udgivet

    Novel overlapping coding sequences in Chlamydia trachomatis

    Jensen, K. T., Petersen, L., Falk, S., Iversen, P., Andersen, P., Theisen, Michael & Krogh, Anders, 2006, I: FEMS Microbiology Reviews. 265, 1, s. 106-17

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  109. Udgivet

    PONGO: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane proteins

    Amico, M., Finelli, M., Rossi, I., Zauli, A., Elofsson, A., Viklund, H., Heijne, G. V., Joes, D., Krogh, Anders, Fariselli, P., Luigi, M. P. & Casadio, R., 2006, I: Nucleic Acids Research. 34, s. W169-72

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  110. Udgivet

    Sampling Realistic Protein Conformations Using Local Structural Bias

    Hamelryck, Thomas Wim, Kent, J. T. & Krogh, Anders, 2006, I: PLoS ONE. 2, 9, s. e131

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  111. 2005
  112. Udgivet

    An HMM posterior decoder for sequence feature prediction that includes homology information

    Käll, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L. L., 2005, I: Bioinformatics. 21, 1, s. i251 - i257

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  113. Udgivet

    Computational evidence for hundreds of non-conserved plant microRNAs

    Lindow, M. & Krogh, Anders, 2005, I: BMC Genomics. 6, s. 119

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  114. Udgivet

    Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction

    Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  115. Udgivet

    Large-scale prokaryotic gene prediction and comparison to genome annotation

    Nielsen, P. & Krogh, Anders, 2005, I: Bioinformatics. 21, 24, s. 4322-9

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  116. 2004
  117. Udgivet

    A Combined Transmembrane Topology and Signal Peptide Prediction Method

    Kall, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L., 2004, I: Journal of Molecular Biology. Vol. 338 (5), s. 1027-36

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  118. Udgivet

    Teaching computers to fold proteins

    Winther, O. & Krogh, Anders, 2004, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). Vol. 70 (3) pt. 1, s. 030903

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  119. Udgivet

    The Block Hidden Markov Model for Biological Sequence Analysis

    Won, K. J., Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2004, Knowledge-BasedIntelligent Informationand Engineering Systems: 8th International Conference, KES 2004, Proceedings. Negoita, M. G., Howlett, R. J. & Jain, L. (red.). Springer, Bind 1. s. 64-70 7 s. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Bind 3213).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  120. Udgivet

    Training HMM structure with genetic algorithm for biological sequence analysis

    Won, K. J. & Krogh, Anders, 2004, I: Bioinformatics. Vol. 20 (18), s. 3613-9

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  121. 2003
  122. Udgivet

    EasyGene - a prokaryotic gene finder that ranks ORFs by statistical significance

    Larsen, T. S. & Krogh, Anders, 2003, I: BMC Bioinformatics. 4(1), s. 21

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  123. Udgivet

    Prediction of lipoprotein signal peptides in Gram-negative bacteria.

    Juncker, A. S., Willenbrock, H., Heijne, G. V., Nielsen, H. & Krogh, Anders, 2003, I: Protein Science. 12(8), s. 1652-1662

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  124. Udgivet

    Reliability measures for membrane protein topology prediction algorithms

    Melén, K., Krogh, Anders & Heijne, G. V., 2003, I: Journal of Molecular Biology. 327(3), s. 735-744

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  125. Udgivet

    RpoD promoters in Campylobacter jejuni exhibit a strong periodic signal instead of a -35 box

    Petersen, L., Larsen, T. S., Ussery, D. W., On, S. L. W. & Krogh, Anders, 2003, I: Journal of Molecular Biology. 326(5), s. 1361-1372

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  126. 2002

  127. A sequence-profile-based HMM for predicting and discriminating β barrel membrane proteins

    Martelli, P. L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2002, I: Bioinformatics. 18, Suppl. 1, s. S46-S53

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  128. 2001
  129. Udgivet

    On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes

    Skovgaard, M., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Ussery, D. & Krogh, Anders, 2001, I: Trends in Genetics. 17, 8, s. 425-8 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

ID: 9738