Anders Krogh

Anders Krogh

Professor


  1. 2015
  2. Udgivet

    Comparative metagenomics of eight geographically remote terrestrial hot springs

    Menzel, P., Islin, S. R., Rike, A. G., Lin, L., Zhang, Q., Contursi, P., Moracci, M., Kristjansson, J. K., Bolduc, B., Gavrilov, S., Ravin, N., Mardanov, A., Bonch-Osmolovskaya, E., Young, M., Krogh, Anders & Peng, Xu, 2015, I: Microbial Ecology. 70, 2, s. 411-424 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale

    Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Belling, K. G. & Rasmussen, Simon, 2015, I: GigaScience. 4, 13 s., 64.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Novel variation and de novo mutation rates in population-wide de novo assembled Danish trios

    Besenbacher, S., Liu, S., Gonzalez-Izarzugaza, J. M., Grove, J., Belling, K. G., Bork-Jensen, J., Huang, S., Als, T. D., Li, S., Yadav, R., Rubio García, A., Lescai, F., Demontis, D., Rao, J., Ye, W., Mailund, T., Møllegaard Friborg, R., Pedersen, C. N. S., Xu, R., Sun, J. & 27 flere, Liu, H., Wang, O., Cheng, X., Flores, D., Rydza, E. K., Rapacki, K., Sørensen, J. D., Chmura, P. J., Westergaard, David, Dworzynski, P., Sørensen, Thorkild I.A., Lund, O., Hansen, Torben, Xu, X., Li, N., Bolund, L., Pedersen, Oluf Borbye, Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Krogh, Anders, Børglum, A. D., Brunak, Søren, Kristiansen, Karsten, Schierup, M. H., Wang, J., Gupta, R., Villesen, P. & Rasmussen, Simon, 2015, I: Nature Communications. 6, 9 s., 5969.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    SHAPE selection (SHAPES) enrich for RNA structure signal in SHAPE sequencing-based probing data

    Poulsen, L. D., Kielpinski, L. J., Salama, S. R., Krogh, Anders & Vinther, Jeppe, 2015, I: R N A. 21, 5, s. 1042-1052 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response

    Wen, J., Leucci, E., Vendramin, R., Kauppinen, S., Lund, Anders H., Krogh, Anders & Parker, B. J., 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 13, s. 6207-6221 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. 2014
  8. Udgivet

    Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients

    Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Adaptable probabilistic mapping of short reads using position specific scoring matrices

    Kerpedjiev, P., Frellsen, J., Lindgreen, S. & Krogh, Anders, 2014, I: B M C Bioinformatics. 15, 17 s., 15:100.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Adaptations to a subterranean environment and longevity revealed by the analysis of mole rat genomes

    Fang, X., Seim, I., Huang, Z., Gerashchenko, M. V., Xiong, Z., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lobanov, A. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Ma, S., Yang, L., Lee, S-G., Kim, E. B., Bronson, R. T., Sumbera, R., Buffenstein, R., Zhou, X., Krogh, A. & 4 flere, Park, T. J., KU, thw266, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2014, I: Cell Reports. 8, 5, s. 1354-1364 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Algorithms for mapping high-throughput DNA sequences

    Frellsen, J., Menzel, P. & Krogh, Anders, 2014, Comprehensive Biomedical Physics: Bioinformatics. Brahme, A. (red.). Elsevier, Bind 6. s. 41-50 10 s. (Reference Module in Biomedical Sciences, Bind 6).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Alternative polyadenylation of tumor suppressor genes in small intestinal neuroendocrine tumors

    Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Døssing, K., Knigge, Ulrich, Kjær, Andreas, Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2014, I: Frontiers in Endocrinology. 5, 10 s., 46.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Bayesian transcriptome assembly

    Sørensen, L. M., Sibbesen, Jonas Andreas & Krogh, Anders, 2014, I: Genome Biology (Online Edition). 15, 10, 11 s., 501.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax

    Fang, X., Nevo, E., Han, L., Levanon, E. Y., Zhao, J., Avivi, A., Larkin, D., Jiang, X., Feranchuk, S., Zhu, Y., Fishman, A., Feng, Y., Sher, N., Xiong, Z., Hankeln, T., Huang, Z., Gorbunova, V., Zhang, L., Zhao, W., Wildman, D. E. & 33 flere, Xiong, Y., Gudkov, A., Zheng, Q., Rechavi, G., Liu, S., Bazak, L., Chen, J., Knisbacher, B. A., Lu, Y., Shams, I., Gajda, K., Farre, M., Kim, J., Lewin, H. A., Ma, J., Band, M., Bicker, A., Kranz, A., Mattheus, T., Schmidt, H., Seluanov, A., Azpurua, J., McGowen, M. R., Ben Jacob, E., Li, K., Peng, S., Zhu, X., Liao, X., Li, S., Krogh, Anders, Zhou, X., Brodsky, L. & Wang, J., 2014, I: Nature Communications. 5, 9 s., 3966.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

    Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E. & 1 flere, Orlando, L. A. A., 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Rapid detection of structural variation in a human genome using nanochannel-based genome mapping technology

    Cao, H., Hastie, A. R., Cao, D., Lam, E. T., Sun, Y., Huang, H., Liu, X., Lin, L., Andrews, W., Chan, S., Huang, S., Tong, X., Requa, M., Anantharaman, T., Krogh, Anders, Yang, H., Cao, H. & Xu, X., 2014, I: GigaScience. 3, 11 s., 34.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    SNPest: a probabilistic graphical model for estimating genotypes

    Lindgreen, S., Krogh, Anders & Pedersen, J. S., 2014, I: BMC Research Notes. 7, 12 s., 298.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization

    Qin, C., Yu, C., Shen, Y., Fang, X., Chen, L., Min, J., Cheng, J., Zhao, S., Xu, M., Luo, Y., Yang, Y., Wu, Z., Mao, L., Wu, H., Ling-Hu, C., Zhou, H., Lin, H., Gonzalez-Morales, S., Trejo-Saavedra, D. L., Tian, H. & 53 flere, Tang, X., Zhao, M., Huang, Z., Zhou, A., Yao, X., Cui, J., Li, W., Chen, Z., Feng, Y., Niu, Y., Bi, S., Yang, X., Li, W., Cai, H., Luo, X., Montes-Hernandez, S., Leyva-Gonzalez, M. A., Xiong, Z., He, X., Bai, L., Tan, S., Tang, X., Liu, D., Liu, J., Zhang, S., Chen, M., Zhang, L., Zhang, L., Zhang, Y., Liao, W., Zhang, Y., Wang, M., Lv, X., Wen, B., Liu, H., Luan, H., Zhang, Y., Yang, S., Wang, X., Xu, J., Li, X., Li, S., Wang, J., Palloix, A., Bosland, P. W., Li, Y., Krogh, Anders, Rivera-Bustamante, R. F., Herrera-Estrella, L., Yin, Y., Yu, J., Hu, K. & Zhang, Z., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 14, s. 5135-5140 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. 2013
  20. Udgivet

    Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen

    Martin, M. D., Cappellini, Enrico, Samaniego Castruita, J. A., Zepeda Mendoza, M. L., Campos, P., Seguin-Orlando, A., Wales, N., Orlando, L. A. A., Ho, S. Y. W., Dietrich, F. S., Mieczkowski, P. A., Heitman, J., Willerslev, Eske, Krogh, Anders, Ristaino, J. B. & Gilbert, M Thomas P, 18 jul. 2013, I: Nature Communications. 4, 7 s., 2172.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse

    Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, Dolocan, A., Stenderup, Jesper Tandberg, Velazquez, A. M. V., Cahill, J., Rasmussen, M., Wang, X., Min, J., Zazula, G. D., Seguin-Orlando, A., Mortensen, C., Magnussen, K., Thompson, J. F., Weinstock, J., Gregersen, K., Røed, K. H., Eisenmann, V., Rubin, C. J., Miller, D. C., Antczak, D. F., Bertelsen, M. F., Brunak, S., Al-Rasheid, K. A. S., Ryder, O., Andersson, L., Mundy, J., Krogh, Anders, Gilbert, M Thomas P, Kjær, Kurt H., Sicheritz-Pontén, T., Jensen, Lars Juhl, Olsen, Jesper Velgaard, Hofreiter, M., Nielsen, R., Shapiro, B., Wang, J. & Willerslev, Eske, 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    A short-read multiplex sequencing method for reliable, cost-effective and high-throughput genotyping in large-scale studies: [plus] Erratum

    Cao, H., Wang, Y., Zhang, W., Chai, X., Zhang, X., Chen, S., Yang, F., Zhang, C., Guo, Y., Liu, Y., Tang, Z., Chen, C., Xue, Y., Zhen, H., Xu, Y., Rao, B., Liu, T., Zhao, M., Zhang, W., Li, Y. & 6 flere, Zhang, X., Tellier, L. C. A. M., Krogh, Anders, Kristiansen, Karsten, Wang, J. & Li, J., 2013, I: Human Mutation. 34, 12, s. 1715-1720 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Alterations in polyadenylation and its implications for endocrine disease

    Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: Frontiers in Endocrinology. 4, 23 s., 53.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii

    Seim, I., Fang, X., Xiong, Z., Lobanov, A. V., Huang, Z., Ma, S., Feng, Y., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lenz, T. L., Gerashchenko, M. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Jordan, D., Xiong, Y., Ma, Y., Lyapunov, A. N., Chen, G., Kulakova, O. I. & 9 flere, Sun, Y., Lee, S., Bronson, R. T., Moskalev, A. A., Sunyaev, S. R., Zhang, G., Krogh, Anders, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2013, I: Nature Communications. 4, 8 s., 2212.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts

    Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Loss of miR-10a activates Lpo and collaborates with activated Wnt signaling in inducing intestinal Neoplasia in female mice

    Stadthagen Gomez, G., Tehler, D. E., Høyland-Kroghsbo, Nina Molin, Wen, J., Krogh, Anders, Jensen, K. T., Santoni Rugiu, Eric, Engelholm, Lars Henning & Lund, Anders H., 2013, I: P L o S Genetics. 9, 10, 12 s., e1003913.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    On the accuracy of short read mapping

    Menzel, K. P., Frellsen, J., Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 2013, Deep Sequencing Data Analysis. Shomron, N. (red.). Springer Science+Business Media, s. 39-59 21 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1038).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    cWords - systematic microRNA regulatory motif discovery from mRNA expression data

    Rasmussen, S. H., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2013, I: Silence. 4, 2, 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 9738