Anders Krogh

Anders Krogh

Professor


  1. Udgivet

    Benchmarking the HLA typing performance of Polysolver and Optitype in 50 Danish parental trios

    Matey-Hernandez, M. L., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Sun, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff & Kristiansen, Karsten, 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, s. 1-12 239.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    Reliability measures for membrane protein topology prediction algorithms

    Melén, K., Krogh, Anders & Heijne, G. V., 2003, I: Journal of Molecular Biology. 327(3), s. 735-744

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    On the accuracy of short read mapping

    Menzel, K. P., Frellsen, J., Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 2013, Deep Sequencing Data Analysis. Shomron, N. (red.). Springer Science+Business Media, s. 39-59 21 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1038).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju

    Menzel, P., Ng, K. L. & Krogh, Anders, 2016, I: Nature Communications. 7, 9 s., 11257.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Comparative metagenomics of eight geographically remote terrestrial hot springs

    Menzel, P., Islin, S. R., Rike, A. G., Lin, L., Zhang, Q., Contursi, P., Moracci, M., Kristjansson, J. K., Bolduc, B., Gavrilov, S., Ravin, N., Mardanov, A., Bonch-Osmolovskaya, E., Young, M., Krogh, Anders & Peng, Xu, 2015, I: Microbial Ecology. 70, 2, s. 411-424 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Large-scale prokaryotic gene prediction and comparison to genome annotation

    Nielsen, P. & Krogh, Anders, 2005, I: Bioinformatics. 21, 24, s. 4322-9

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Identification and analysis of miRNAs in human breast cancer and teratoma samples using deep sequencing

    Nygaard, S., Jacobsen, A., Lindow, M., Eriksen, J., Balslev, E., Flyger, H., Tolstrup, N., Moller, S., Krogh, Anders & Litman, T., 2009, I: B M C Medical Genomics. 2, 1, s. 35

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming

    Nygaard, S., Zhang, G., Schiøtt, M., Li, C., Wurm, Y., Hu, H., Zhou, J., Ji, L., Qiu, F., Rasmussen, M., Pan, H., Hauser, Frank, Krogh, Anders, Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), Wang, J. & Boomsma, Jacobus J., 2011, I: Genome Research. 21, 8, s. 1339-1348 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes

    Nygaard, S., Braunstein, A., Malsen, G., Van Dongen, S., Gardner, P. P., Krogh, Anders, Otto, T. D., Pain, A., Berriman, M., McAuliffe, J., Dermitzakis, E. T. & Jeffares, D. C., 1 sep. 2010, I: P L o S Genetics. 6, 9

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse

    Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, Dolocan, A., Stenderup, Jesper Tandberg, Velazquez, A. M. V., Cahill, J., Rasmussen, M., Wang, X., Min, J., Zazula, G. D., Seguin-Orlando, A., Mortensen, C., Magnussen, K., Thompson, J. F., Weinstock, J., Gregersen, K., Røed, K. H., Eisenmann, V., Rubin, C. J., Miller, D. C., Antczak, D. F., Bertelsen, M. F., Brunak, S., Al-Rasheid, K. A. S., Ryder, O., Andersson, L., Mundy, J., Krogh, Anders, Gilbert, M Thomas P, Kjær, Kurt H., Sicheritz-Pontén, T., Jensen, Lars Juhl, Olsen, Jesper Velgaard, Hofreiter, M., Nielsen, R., Shapiro, B., Wang, J. & Willerslev, Eske, 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

    Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E. & 1 flere, Orlando, L. A. A., 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    RNA sequencing of trigeminal ganglia in Rattus Norvegicus after glyceryl trinitrate infusion with relevance to migraine

    Pedersen, S. H., Sørensen, L. M., Ramachandran, R., Sibbesen, Jonas Andreas, Yakimov, V., Christensen, R. E., Hansen, Thomas Folkmann, Krogh, Anders, Olesen, Jes & Olesen, I. J., 2016, I: P L o S One. 11, 5, 13 s., e0155039.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    RpoD promoters in Campylobacter jejuni exhibit a strong periodic signal instead of a -35 box

    Petersen, L., Larsen, T. S., Ussery, D. W., On, S. L. W. & Krogh, Anders, 2003, I: Journal of Molecular Biology. 326(5), s. 1361-1372

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Highly accessible AU-rich regions in 3' untranslated regions are hotspots for binding of regulatory factors

    Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 14 apr. 2017, I: PLoS Computational Biology. 13, 4, 26 s., e1005460.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    SHAPE selection (SHAPES) enrich for RNA structure signal in SHAPE sequencing-based probing data

    Poulsen, L. D., Kielpinski, L. J., Salama, S. R., Krogh, Anders & Vinther, Jeppe, 2015, I: R N A. 21, 5, s. 1042-1052 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Sensitive detection of circular DNAs at single-nucleotide resolution using guided realignment of partially aligned reads

    Prada Luengo, Inigo, Krogh, Anders, Sørensen, L. M. & Regenberg, Birgitte, 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 663.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    N-of-one differential gene expression without control samples using a deep generative model

    Prada Luengo, Inigo, Schuster, Viktoria, Liang, Yuhu, Terkelsen, Thilde Bagger, Sora, Valentina & Krogh, Anders, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 17 s., 263.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization

    Qin, C., Yu, C., Shen, Y., Fang, X., Chen, L., Min, J., Cheng, J., Zhao, S., Xu, M., Luo, Y., Yang, Y., Wu, Z., Mao, L., Wu, H., Ling-Hu, C., Zhou, H., Lin, H., Gonzalez-Morales, S., Trejo-Saavedra, D. L., Tian, H. & 53 flere, Tang, X., Zhao, M., Huang, Z., Zhou, A., Yao, X., Cui, J., Li, W., Chen, Z., Feng, Y., Niu, Y., Bi, S., Yang, X., Li, W., Cai, H., Luo, X., Montes-Hernandez, S., Leyva-Gonzalez, M. A., Xiong, Z., He, X., Bai, L., Tan, S., Tang, X., Liu, D., Liu, J., Zhang, S., Chen, M., Zhang, L., Zhang, L., Zhang, Y., Liao, W., Zhang, Y., Wang, M., Lv, X., Wen, B., Liu, H., Luan, H., Zhang, Y., Yang, S., Wang, X., Xu, J., Li, X., Li, S., Wang, J., Palloix, A., Bosland, P. W., Li, Y., Krogh, Anders, Rivera-Bustamante, R. F., Herrera-Estrella, L., Yin, Y., Yu, J., Hu, K. & Zhang, Z., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 14, s. 5135-5140 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts

    Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients

    Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia

    Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, Moreno Mayar, J. Víctor, Muller, C., Dortch, J., Gilbert, M Thomas P, Lund, O., Wesolowska, A., Karmin, M., Weinert, L. A., Wang, B., Li, J., Tai, S., Xiao, F., Hanihara, T., van Driem, G., Jha, A. R., Ricaut, F., de Knijff, P., Migliano, A. B., Gallego Romero, I., Kristiansen, Karsten, Lambert, D. M., Brunak, Søren, Forster, P., Brinkmann, B., Nehlich, O., Bunce, M., Richards, M., Gupta, R., Bustamante, C. D., Krogh, Anders, Foley, R. A., Lahr, M. M., Balloux, F., Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Wang, J. & Willerslev, Eske, 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo

    Rasmussen, M., Li, Y., Lindgreen, S., Pedersen, J. S., Albrechtsen, A., Moltke, I., Metspalu, M., Metspalu, E., Kivisild, T., Gupta, R., Bertalan, M., Nielsen, K., Gilbert, T., Wang, Y., Raghavan, M., Campos, P., Kamp, H. L. M., Wilson, A. S., Gledhill, A., Tridico, S. & 32 flere, Bunce, M., Lorenzen, Eline, Binladen, J. K. M. A., Guo, X., Zhao, J., Zhang, X., Zhang, H., Li, Z., Chen, M., Orlando, L. A. A., Kristiansen, Karsten, Bak, M., Tommerup, Niels, Bendixen, C., Pierre, T. L., Grønnow, B., Meldgaard, Morten, Andreasen, C., Fedorova, S. A., Osipova, L. P., Higham, T. F. G., Ramsey, C. B., Hansen, Thomas van Overeem, Nielsen, Finn Cilius, Crawford, M. H., Brunak, Søren, Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Krogh, Anders, Wang, J. & Willerslev, Eske, 11 feb. 2010, I: Nature. 463, 7282, s. 757-762 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    cWords - systematic microRNA regulatory motif discovery from mRNA expression data

    Rasmussen, S. H., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2013, I: Silence. 4, 2, 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Alterations in polyadenylation and its implications for endocrine disease

    Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: Frontiers in Endocrinology. 4, 23 s., 53.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Alternative polyadenylation of tumor suppressor genes in small intestinal neuroendocrine tumors

    Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Døssing, K., Knigge, Ulrich, Kjær, Andreas, Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2014, I: Frontiers in Endocrinology. 5, 10 s., 46.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes

    Schubert, Mikkel, Ginolhac, A., Lindgreen, S., Thompson, J. F., Al-Rasheid, K. A. S., Willerslev, Eske, Krogh, Anders & Orlando, L. A. A., 2012, I: BMC Genomics. 13, 15 s., 178.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data

    Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, 2023, I: Bioinformatics. 39, 9, 14 s., btad497.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    A manifold learning perspective on representation learning: Learning decoder and representations without an encoder

    Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, nov. 2021, I: Entropy. 23, 11, 14 s., 1403.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii

    Seim, I., Fang, X., Xiong, Z., Lobanov, A. V., Huang, Z., Ma, S., Feng, Y., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lenz, T. L., Gerashchenko, M. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Jordan, D., Xiong, Y., Ma, Y., Lyapunov, A. N., Chen, G., Kulakova, O. I. & 9 flere, Sun, Y., Lee, S., Bronson, R. T., Moskalev, A. A., Sunyaev, S. R., Zhang, G., Krogh, Anders, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2013, I: Nature Communications. 4, 8 s., 2212.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs

    Sibbesen, Jonas Andreas, Maretty, L., Krogh, Anders, Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Guo, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J. & Brunak, Søren, 2018, I: Nature Genetics. 50, s. 1054-1059 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion

    Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes

    Skovgaard, M., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Ussery, D. & Krogh, Anders, 2001, I: Trends in Genetics. 17, 8, s. 425-8 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Loss of miR-10a activates Lpo and collaborates with activated Wnt signaling in inducing intestinal Neoplasia in female mice

    Stadthagen Gomez, G., Tehler, D. E., Høyland-Kroghsbo, Nina Molin, Wen, J., Krogh, Anders, Jensen, K. T., Santoni Rugiu, Eric, Engelholm, Lars Henning & Lund, Anders H., 2013, I: P L o S Genetics. 9, 10, 12 s., e1003913.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line

    Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, Asahara, H., Bailey, T., Bajic, V. B., Bauer, D., Beckhouse, A. G., Bertin, N., Björkegren, J., Brombacher, F., Bulger, E., Chalk, A. M., Chiba, J., Cloonan, N., Dawe, A., Dostie, J., Engström, P. G., Essack, M., Faulkner, G. J., Fink, J. L., Fredman, D., Fujimori, K., Furuno, M., Gojobori, T., Gough, J., Grimmond, S. M., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Nygaard, S., Sandelin, Albin Gustav, Valen, E., Winther, Ole & Riken Omics Science Center, R. O. S. C., 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference

    Sørensen, L. M., Jensen, J. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Villesen, P., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R., Ye, W., Rao, J., Guo, X. & 39 flere, Sun, J., Cao, H., Ye, C., van Beusekom, J., Espeseth, T., Flindt, E., Friborg, R. M., Halager, A. E., Le Hellard, S., Hultman, C. M., Lescai, F., Li, S., Lund, O., Løngren, P., Mailund, T., Matey-Hernandez, M. L., Mors, O., Pedersen, C. N. S., Sicheritz-Pontén, T., Sullivan, P., Syed, A., Westergaard, D., Yadav, R., Li, N., Xu, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Bolund, L., Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Gupta, R., Rasmussen, Simon, Besenbacher, S., Børglum, A. D., Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren & Schierup, M. H., 2017, I: Nature. 548, 7665, s. 87-91 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Bayesian transcriptome assembly

    Sørensen, L. M., Sibbesen, Jonas Andreas & Krogh, Anders, 2014, I: Genome Biology (Online Edition). 15, 10, 11 s., 501.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery

    Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays

    Terkelsen, K. M., Gardner, P. P., Arctander, P. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 239

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Automatic generation of gene finders for eukaryotic species

    Terkelsen, K. M. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 263

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Secreted breast tumor interstitial fluid microRNAs and their target genes are associated with triple-negative breast cancer, tumor grade, and immune infiltration

    Terkelsen, T., Russo, F., Gromov, P., Haakensen, V. D., Brunak, Søren, Gromova, I., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: Breast Cancer Research. 22, 1, 36 s., 73.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    CAncer bioMarker Prediction Pipeline (CAMPP) - A standardized framework for the analysis of quantitative biological data

    Terkelsen, T., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: PLOS Computational Biology. 16, 3, 20 s., e1007665.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    High-throughput proteomics of breast cancer interstitial fluid: identification of tumor subtype-specific serologically relevant biomarkers

    Terkelsen, T., Pernemalm, M., Gromov, P., Borresen-Dale, A., Krogh, Anders, Haakensen, V. D., Lethio, J., Papaleo, E. & Gromova, I., 2021, I: Molecular Oncology. 15, 2, s. 429-461 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Taxonomic classification method for metagenomics based on core protein families with Core-Kaiju

    Tovo, A., Menzel, P., Krogh, Anders, Cosentino Lagomarsino, M. & Suweis, S., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 16, 13 s., e93.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE

    Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, Hayashizaki, Y., Gustincich, S., Sandelin, Albin Gustav & Carninci, P., 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

    Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

    Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

    Weischenfeldt, Joachim Lütken, Waage, J. E., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, Karsten, Krogh, Anders, Wang, J. & Porse, Bo Torben, 2012, I: Genome Biology (Online Edition). 13, 5, 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response

    Wen, J., Leucci, E., Vendramin, R., Kauppinen, S., Lund, Anders H., Krogh, Anders & Parker, B. J., 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 13, s. 6207-6221 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action

    Wen, J., Parker, B. J., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2011, I: R N A. 17, 5, s. 820-34 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Teaching computers to fold proteins

    Winther, O. & Krogh, Anders, 2004, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). Vol. 70 (3) pt. 1, s. 030903

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

ID: 9738