Anders Krogh

Anders Krogh

Professor


  1. 2007
  2. Udgivet

    MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing.

    Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: Bioinformatics. 23, 24, s. 3304-11 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Molecular composition of IMP1 ribonucleoprotein granules.

    Jønson, L., Vikesaa, J., Krogh, Anders, Nielsen, Lars Kamp, Hansen, T. V., Borup, R., Johnsen, A. H., Christiansen, Jan & Nielsen, Finn Cilius, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 5, s. 798-811 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Multiple alignment and structure prediction of non-coding RNA sequences

    Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, Suppl. 8, 1 s., P8.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Prediction of Structurally-Determined Coiled-Coil Domains with Hidden Markov Models

    Fariselli, P., Molinini, D., Casadio, R. & Krogh, Anders, 2007, Bioinformatics Research and Development: First International Conference, BIRD 2007 Proceedings. Hochreiter, S. & Wagner, R. (red.). Springer, s. 292-302 11 s. (Lecture Notes in Bioinformatics, Bind 4414).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  6. 2008
  7. Udgivet

    A generative, probabilistic model of local protein structure

    Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Asap: a framework for over-representation statistics for transcription factor binding sites.

    Marstrand, T. T., Frellsen, J., Moltke, Ida, Thiim, M., Valen, E., Retelska, D. & Krogh, Anders, 2008, I: PLoS ONE. 3, 2, s. e1623

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery

    Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Hidden Markov models for prediction of protein features.

    Bystroff, C. & Krogh, Anders, 2008, I: Methods in Molecular Biology. 413, s. 173-98 25 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.

    Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Modeling promoter grammars with evolving hidden Markov models

    Won, K., Sandelin, Albin Gustav, Marstrand, T. T. & Krogh, Anders, 2008, I: Bioinformatics. 24, 15, s. 1669-75 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    What are artificial neural networks?

    Krogh, Anders, 2008, I: Nature Biotechnology. 26, 2, s. 195-7 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    57miRNA regulation during oncogene-induced senescence


    Christoffersen, N. R., Frankel, Lisa, Klausen, M., Jacobsen, A., Krogh, Anders & Lund, Anders H., maj 2008.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  15. 2009
  16. Udgivet

    CCHMM_PROF: a HMM-based coiled-coil predictor with evolutionary information

    Bartoli, L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2009, I: Bioinformatics. 25, 21, s. 2757-63 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

    Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE

    Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, Hayashizaki, Y., Gustincich, S., Sandelin, Albin Gustav & Carninci, P., 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Identification and analysis of miRNAs in human breast cancer and teratoma samples using deep sequencing

    Nygaard, S., Jacobsen, A., Lindow, M., Eriksen, J., Balslev, E., Flyger, H., Tolstrup, N., Moller, S., Krogh, Anders & Litman, T., 2009, I: B M C Medical Genomics. 2, 1, s. 35

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line

    Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, Asahara, H., Bailey, T., Bajic, V. B., Bauer, D., Beckhouse, A. G., Bertin, N., Björkegren, J., Brombacher, F., Bulger, E., Chalk, A. M., Chiba, J., Cloonan, N., Dawe, A., Dostie, J., Engström, P. G., Essack, M., Faulkner, G. J., Fink, J. L., Fredman, D., Fujimori, K., Furuno, M., Gojobori, T., Gough, J., Grimmond, S. M., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Nygaard, S., Sandelin, Albin Gustav, Valen, E., Winther, Ole & Riken Omics Science Center, R. O. S. C., 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. 2010
  22. Udgivet

    MicroRNA-145 targets YES and STAT1 in colon cancer cells

    Gregersen, Lea Haarup, Jacobsen, A. B., Frankel, Lisa, Wen, J., Krogh, Anders & Lund, Anders H., 2010, I: PLoS ONE. 5, 1, s. e8836

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    miRMaid: a unified programming interface for microRNA data resources

    Jacobsen, A., Krogh, Anders, Kauppinen, S. & Lindow, M., 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, s. 29

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo

    Rasmussen, M., Li, Y., Lindgreen, S., Pedersen, J. S., Albrechtsen, A., Moltke, I., Metspalu, M., Metspalu, E., Kivisild, T., Gupta, R., Bertalan, M., Nielsen, K., Gilbert, T., Wang, Y., Raghavan, M., Campos, P., Kamp, H. L. M., Wilson, A. S., Gledhill, A., Tridico, S. & 32 flere, Bunce, M., Lorenzen, Eline, Binladen, J. K. M. A., Guo, X., Zhao, J., Zhang, X., Zhang, H., Li, Z., Chen, M., Orlando, L. A. A., Kristiansen, Karsten, Bak, M., Tommerup, Niels, Bendixen, C., Pierre, T. L., Grønnow, B., Meldgaard, Morten, Andreasen, C., Fedorova, S. A., Osipova, L. P., Higham, T. F. G., Ramsey, C. B., Hansen, Thomas van Overeem, Nielsen, Finn Cilius, Crawford, M. H., Brunak, Søren, Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Krogh, Anders, Wang, J. & Willerslev, Eske, 11 feb. 2010, I: Nature. 463, 7282, s. 757-762 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Signatures of RNA binding proteins globally coupled to effective microRNA target sites

    Jacobsen, A., Wen, J., Marks, D. S. & Krogh, Anders, 1 aug. 2010, I: Genome Research. 20, 8, s. 1010-9 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes

    Nygaard, S., Braunstein, A., Malsen, G., Van Dongen, S., Gardner, P. P., Krogh, Anders, Otto, T. D., Pain, A., Berriman, M., McAuliffe, J., Dermitzakis, E. T. & Jeffares, D. C., 1 sep. 2010, I: P L o S Genetics. 6, 9

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. 2011
  28. Udgivet

    An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia

    Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, Moreno Mayar, J. Víctor, Muller, C., Dortch, J., Gilbert, M Thomas P, Lund, O., Wesolowska, A., Karmin, M., Weinert, L. A., Wang, B., Li, J., Tai, S., Xiao, F., Hanihara, T., van Driem, G., Jha, A. R., Ricaut, F., de Knijff, P., Migliano, A. B., Gallego Romero, I., Kristiansen, Karsten, Lambert, D. M., Brunak, Søren, Forster, P., Brinkmann, B., Nehlich, O., Bunce, M., Richards, M., Gupta, R., Bustamante, C. D., Krogh, Anders, Foley, R. A., Lahr, M. M., Balloux, F., Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Wang, J. & Willerslev, Eske, 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action

    Wen, J., Parker, B. J., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2011, I: R N A. 17, 5, s. 820-34 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming

    Nygaard, S., Zhang, G., Schiøtt, M., Li, C., Wurm, Y., Hu, H., Zhou, J., Ji, L., Qiu, F., Rasmussen, M., Pan, H., Hauser, Frank, Krogh, Anders, Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), Wang, J. & Boomsma, Jacobus J., 2011, I: Genome Research. 21, 8, s. 1339-1348 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 9738