Wouter Boomsma

Wouter Boomsma

Professor

ORCID: 0000-0002-8257-3827

Udgivelsesår:
Alle
26 - 50 ud af 63Pr. side: 25
Sortering: Titel
  1. Udgivet

    Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals

    Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, Wouter, Røgen, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  2. Udgivet

    Fast phylogenetic DNA barcoding

    Terkelsen, K. M., Boomsma, Wouter, Willerslev, Eske & Nielsen, Rasmus, 2008, I: Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Biological Sciences. 363, 1512, s. 3997-4002 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method

    Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    Full cyclic coordinate descent: solving the protein loop closure problem in Cα space

    Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2005, I: BMC Bioinformatics. 6, 10 s., 159.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination

    Olsson, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Graphical models and directional statistics capture protein structure

    Boomsma, Wouter, Kent, J. T., Mardia, K. V., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2006, Interdisciplinary Statistics and Bioinformatics. Barber, S., Baxter, P. D., Mardia, K. V. & Walls, R. E. (red.). Leeds University Press, s. 91-94 4 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    IDDomainSpotter: Compositional bias reveals domains in long disordered protein regions—Insights from transcription factors

    Millard, P. S., Bugge, K., Marabini, R., Boomsma, Wouter, Burow, Meike & Kragelund, Birthe Brandt, 2020, I: Protein Science. 29, 1, s. 169-183 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    Implicit Variational Inference for High-Dimensional Posteriors

    Uppal, A., Stensbo-Smidt, K., Boomsma, Wouter & Frellsen, J., 2023, Advances in Neural Information Processing Systems 36 pre-proceedings (NeurIPS 2023). NeurIPS Proceedings, 24 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 36).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data

    Olsson, S., Frellsen, J., Boomsma, Wouter, Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: PLoS ONE. 8, 11, 7 s., e79439.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force

    Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 1 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

  11. Udgivet

    Kernel-Matrix Determinant Estimates from stopped Cholesky Decomposition

    Bartels, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Garreau, D., 2023, I: Journal of Machine Learning Research. 24, s. 1-57 71.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    Learning meaningful representations of protein sequences

    Detlefsen, N. S., Hauberg, S. & Boomsma, Wouter, 2022, I: Nature Communications. 13, 1, s. 1-12 1914.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    Lysine deserts prevent adventitious ubiquitylation of ubiquitin-proteasome components

    Kampmeyer, Caroline, Grønbæk-Thygesen, Martin, Oelerich, N., Tatham, M. H., Cagiada, Matteo, Lindorff-Larsen, K., Boomsma, Wouter, Hofmann, K. & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 6, 18 s., 143.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias

    Wang, Y., Tian, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Multiple sequence alignment using SAGA: investigating the effects of operator scheduling, population seeding, and crossover operators

    Thomsen, R. & Boomsma, Wouter, 2004, Applications of Evolutionary Computing: EvoWorkshops 2004: EvoBIO, EvoCOMNET, EvoHOT, EvoISAP, EvoMUSART, and EvoSTOC, Coimbra, Portugal, April 5-7, 2004. Proceedings. Raidl, G. R. (red.). Springer, s. 113-122 10 s. (Lecture notes in computer science, Bind 3005).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Orchestration of signaling by structural disorder in class 1 cytokine receptors

    Seiffert, P., Bugge, K., Nygaard, M., Haxholm, G. W., Martinsen, J. H., Pedersen, M. N., Arleth, Lise, Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 24 aug. 2020, I: Cell Communication and Signaling. 18, 1, 30 s., 132.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Phaistos user manual

    Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

  19. Udgivet

    Phosphorylation of Schizosaccharomyces pombe Dss1 mediates direct binding to the ubiquitin-ligase Dma1 in vitro

    Jacobsen, Nina Louise, Bloch, Magnus Borup, Millard, P. S., Ruidiaz, Sarah Frederiksen, Elsborg, Jonas Damgaard, Boomsma, Wouter, Hendus-Altenburger, R., Hartmann-Petersen, Rasmus & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: Protein Science. 32, 9, 16 s., e4733.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized

    Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Protein Structure: Probabilistic Modeling and Simulation

    Boomsma, Wouter, 2008, Department of Biology: Museum Tusculanum. 106 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning

  24. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem

    Hamelryck, Thomas Wim, Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 40103911