Wouter Boomsma

Wouter Boomsma

Professor

ORCID: 0000-0002-8257-3827

Udgivelsesår:
Alle
1 - 25 ud af 63Pr. side: 25
Sortering: Titel
  1. Udgivet

    What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  2. Using adaptive operator scheduling on problem domains with an operator manifold: applications to the travelling salesman problem

    Boomsma, Wouter, 2003, The 2003 Congress on Evolutionary Computation, 2003. CEC'03. IEEE, s. 1274-1279 6 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    The PCNA interaction motifs revisited: thinking outside the PIP-box

    Prestel, Andreas, Wichmann, N., Martins, J. M., Marabini, R., Kassem, N., Broendum, S. S., Otterlei, M., Nielsen, Olaf, Willemoës, Martin, Ploug, Michael, Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 2019, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 76, 24, s. 4923-4943

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    Structure of the bacterial cytoskeleton protein bactofilin by NMR chemical shifts and sequence variation

    Kassem, M. M., Wang, Y., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: Biophysical Journal. 110, 11, s. 2342-2348 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    Statistical assignment of DNA sequences using Bayesian phylogenetics

    Terkelsen, K. M., Boomsma, Wouter, Huelsenbeck, J. P., Willerslev, Eske & Nielsen, Rasmus, 2008, I: Systematic Biology. 57, 5, s. 750-757 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    Spherical convolutions and their application in molecular modelling

    Boomsma, Wouter & Frellsen, J., 2017, Neural Information Processing Systems 2017. Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (red.). NIPS Proceedings, 11 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 30).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    Single-particle diffusional fingerprinting: A machine-learning framework for quantitative analysis of heterogeneous diffusion

    Pinholt, H. D., Bohr, S. S. R., Iversen, J. F., Boomsma, Wouter & Hatzakis, Nikos, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 31, 7 s., e2104624118.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

    Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. .., Lindorff-Larsen, Kresten, Irbäck, A. & Boomsma, Wouter, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    Rapid protein stability prediction using deep learning representations

    Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    Rapid expansion of the protein disulfide isomerase gene family facilitates the folding of venom peptides

    Safavi, Helena, Li, Q., Jackson, R. L., Song, A. S., Boomsma, Wouter, Bandyopadhyay, P. K., Gruber, C. W., Purcell, A. W., Yandell, M., Olivera, B. M. & Ellgaard, Lars, 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 12, s. 3227-3232 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    Random coil chemical shifts for serine, threonine and tyrosine phosphorylation over a broad pH range

    Hendus-Altenburger, R., Fernandes, Catarina, Bugge, K., Kunze, M. B. A., Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 2019, I: Journal of Biomolecular NMR. 73, 12, s. 713–725 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem

    Hamelryck, Thomas Wim, Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Protein Structure: Probabilistic Modeling and Simulation

    Boomsma, Wouter, 2008, Department of Biology: Museum Tusculanum. 106 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning

  17. Udgivet

    Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized

    Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Phosphorylation of Schizosaccharomyces pombe Dss1 mediates direct binding to the ubiquitin-ligase Dma1 in vitro

    Jacobsen, Nina Louise, Bloch, Magnus Borup, Millard, P. S., Ruidiaz, Sarah Frederiksen, Elsborg, Jonas Damgaard, Boomsma, Wouter, Hendus-Altenburger, R., Hartmann-Petersen, Rasmus & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: Protein Science. 32, 9, 16 s., e4733.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Phaistos user manual

    Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

  22. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Orchestration of signaling by structural disorder in class 1 cytokine receptors

    Seiffert, P., Bugge, K., Nygaard, M., Haxholm, G. W., Martinsen, J. H., Pedersen, M. N., Arleth, Lise, Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 24 aug. 2020, I: Cell Communication and Signaling. 18, 1, 30 s., 132.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Multiple sequence alignment using SAGA: investigating the effects of operator scheduling, population seeding, and crossover operators

    Thomsen, R. & Boomsma, Wouter, 2004, Applications of Evolutionary Computing: EvoWorkshops 2004: EvoBIO, EvoCOMNET, EvoHOT, EvoISAP, EvoMUSART, and EvoSTOC, Coimbra, Portugal, April 5-7, 2004. Proceedings. Raidl, G. R. (red.). Springer, s. 113-122 10 s. (Lecture notes in computer science, Bind 3005).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias

    Wang, Y., Tian, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 40103911