Anders Krogh
Professor
Machine Learning
Universitetsparken 1, 2100 København Ø
Center for Health Data Science
Blegdamsvej 3B
2200 København N
- 2023
- Udgivet
N-of-one differential gene expression without control samples using a deep generative model
Prada Luengo, Inigo, Schuster, Viktoria, Liang, Yuhu, Terkelsen, Thilde Bagger, Sora, Valentina & Krogh, Anders, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 17 s., 263.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Synthetic Data Generation by Artificial Intelligence to Accelerate Research and Precision Medicine in Hematology
D'Amico, S., Dall'Olio, D., Sala, C., Dall'Olio, L., Sauta, E., Zampini, M., Asti, G., Lanino, L., Maggioni, G., Campagna, A., Ubezio, M., Russo, A., Bicchieri, M. E., Riva, E., Tentori, C. A., Travaglino, E., Morandini, P., Savevski, V., Santoro, A., Prada-Luengo, I. & 9 flere, , 2023, I: JCO clinical cancer informatics. 7, s. 1-22 e2300021.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data
Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, 2023, I: Bioinformatics. 39, 9, 14 s., btad497.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Context dependency of nucleotide probabilities and variants in human DNA
Liang, Yuhu, Grønbæk, Christian, Fariselli, P. & Krogh, Anders, 2022, I: BMC Genomics. 23, 1, 15 s., 87.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Context dependent prediction in DNA sequence using neural networks
Grønbæk, Christian, Liang, Yuhu, Elliott, Desmond & Krogh, Anders, 2022, I: PeerJ. 10, 22 s., e13666.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
A manifold learning perspective on representation learning: Learning decoder and representations without an encoder
Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, nov. 2021, I: Entropy. 23, 11, 14 s., 1403.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High-throughput proteomics of breast cancer interstitial fluid: identification of tumor subtype-specific serologically relevant biomarkers
Terkelsen, T., Pernemalm, M., Gromov, P., Borresen-Dale, A., Krogh, Anders, Haakensen, V. D., Lethio, J., Papaleo, E. & Gromova, I., 2021, I: Molecular Oncology. 15, 2, s. 429-461 33 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
CAncer bioMarker Prediction Pipeline (CAMPP) - A standardized framework for the analysis of quantitative biological data
Terkelsen, T., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: PLOS Computational Biology. 16, 3, 20 s., e1007665.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Secreted breast tumor interstitial fluid microRNAs and their target genes are associated with triple-negative breast cancer, tumor grade, and immune infiltration
Terkelsen, T., Russo, F., Gromov, P., Haakensen, V. D., Brunak, Søren, Gromova, I., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: Breast Cancer Research. 22, 1, 36 s., 73.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Taxonomic classification method for metagenomics based on core protein families with Core-Kaiju
Tovo, A., Menzel, P., Krogh, Anders, Cosentino Lagomarsino, M. & Suweis, S., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 16, 13 s., e93.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Sensitive detection of circular DNAs at single-nucleotide resolution using guided realignment of partially aligned reads
Prada Luengo, Inigo, Krogh, Anders, Sørensen, L. M. & Regenberg, Birgitte, 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 663.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs
Sibbesen, Jonas Andreas, Maretty, L., Krogh, Anders, Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Guo, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J. & Brunak, Søren, 2018, I: Nature Genetics. 50, s. 1054-1059 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Benchmarking the HLA typing performance of Polysolver and Optitype in 50 Danish parental trios
Matey-Hernandez, M. L., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Sun, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff & Kristiansen, Karsten, 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, s. 1-12 239.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History
Liu, S., Huang, S., Chen, F., Zhao, L., Yuan, Y., Francis, S. S., Fang, L., Li, Z., Lin, L., Liu, R., Zhang, Y., Xu, H., Li, S., Zhou, Y., Davies, R. W., Liu, Q., Walters, R. G., Lin, K., Ju, J., Komeliussen, T. & 18 flere, , 2018, I: Cell. 175, 2, s. 347-359, e1-e7Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Sugar metabolism of the first thermophilic Planctomycete Thermogutta terrifontis: comparative genomic and transcriptomic approaches
Elcheninov, A. G., Menzel, P., Gudbergsdottir, S. R., Slesarev, A. I., Kadnikov, V. V., Krogh, Anders, Bonch-Osmolovskaya, E. A., Peng, Xu & Kublanov, I. V., 2 nov. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 11 s., 2140.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assembly and analysis of 100 full MHC haplotypes from the Danish population
Jensen, J. M., Villesen, P., Friborg, R. M., Mailund, T., Besenbacher, S., Sørensen, L. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R. & 39 flere, , sep. 2017, I: Genome Research. 27, 9, s. 1597-1607 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Highly accessible AU-rich regions in 3' untranslated regions are hotspots for binding of regulatory factors
Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 14 apr. 2017, I: PLoS Computational Biology. 13, 4, 26 s., e1005460.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion
Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference
Sørensen, L. M., Jensen, J. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Villesen, P., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R., Ye, W., Rao, J., Guo, X. & 39 flere, , 2017, I: Nature. 548, 7665, s. 87-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju
Menzel, P., Ng, K. L. & Krogh, Anders, 2016, I: Nature Communications. 7, 9 s., 11257.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel viral genomes identified from six metagenomes reveal wide distribution of archaeal viruses and high viral diversity in terrestrial hot springs
Islin, S. R., Menzel, P., Krogh, Anders, Young, M. & Peng, Xu, 2016, I: Environmental Microbiology. 18, 3, s. 863-874 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA sequencing of trigeminal ganglia in Rattus Norvegicus after glyceryl trinitrate infusion with relevance to migraine
Pedersen, S. H., Sørensen, L. M., Ramachandran, R., Sibbesen, Jonas Andreas, Yakimov, V., Christensen, R. E., Hansen, Thomas Folkmann, Krogh, Anders, Olesen, Jes & Olesen, I. J., 2016, I: P L o S One. 11, 5, 13 s., e0155039.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
De novo assembly of a haplotype-resolved human genome
Cao, H., Wu, H., Luo, R., Huang, S., Sun, Y., Tong, X., Xie, Y., Liu, B., Yang, H., Zheng, H., Li, J., Li, B., Wang, Y., Yang, F., Sun, P., Liu, S., Gao, P., Huang, H., Sun, J., Chen, D. & 21 flere, , 2015, I: Nature Biotechnology. 33, 6, s. 617-626 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Drosophila Imp iCLIP identifies an RNA assemblage coordinating F-actin formation
Hansen, H. T., Rasmussen, S. H., Adolph, S. K., Plass, M., Krogh, Anders, Sanford, J., Nielsen, Finn Cilius & Christiansen, Jan, 2015, I: Genome Biology (Online Edition). 16, 16 s., 123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin
Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative metagenomics of eight geographically remote terrestrial hot springs
Menzel, P., Islin, S. R., Rike, A. G., Lin, L., Zhang, Q., Contursi, P., Moracci, M., Kristjansson, J. K., Bolduc, B., Gavrilov, S., Ravin, N., Mardanov, A., Bonch-Osmolovskaya, E., Young, M., Krogh, Anders & Peng, Xu, 2015, I: Microbial Ecology. 70, 2, s. 411-424 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale
Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Belling, K. G. & Rasmussen, Simon, 2015, I: GigaScience. 4, 13 s., 64.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel variation and de novo mutation rates in population-wide de novo assembled Danish trios
Besenbacher, S., Liu, S., Gonzalez-Izarzugaza, J. M., Grove, J., Belling, K. G., Bork-Jensen, J., Huang, S., Als, T. D., Li, S., Yadav, R., Rubio García, A., Lescai, F., Demontis, D., Rao, J., Ye, W., Mailund, T., Møllegaard Friborg, R., Pedersen, C. N. S., Xu, R., Sun, J. & 27 flere, , 2015, I: Nature Communications. 6, 9 s., 5969.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SHAPE selection (SHAPES) enrich for RNA structure signal in SHAPE sequencing-based probing data
Poulsen, L. D., Kielpinski, L. J., Salama, S. R., Krogh, Anders & Vinther, Jeppe, 2015, I: R N A. 21, 5, s. 1042-1052 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response
Wen, J., Leucci, E., Vendramin, R., Kauppinen, S., Lund, Anders H., Krogh, Anders & Parker, B. J., 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 13, s. 6207-6221 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients
Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adaptable probabilistic mapping of short reads using position specific scoring matrices
Kerpedjiev, P., Frellsen, J., Lindgreen, S. & Krogh, Anders, 2014, I: B M C Bioinformatics. 15, 17 s., 15:100.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adaptations to a subterranean environment and longevity revealed by the analysis of mole rat genomes
Fang, X., Seim, I., Huang, Z., Gerashchenko, M. V., Xiong, Z., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lobanov, A. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Ma, S., Yang, L., Lee, S-G., Kim, E. B., Bronson, R. T., Sumbera, R., Buffenstein, R., Zhou, X., Krogh, A. & 4 flere, , 2014, I: Cell Reports. 8, 5, s. 1354-1364 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Algorithms for mapping high-throughput DNA sequences
Frellsen, J., Menzel, P. & Krogh, Anders, 2014, Comprehensive Biomedical Physics: Bioinformatics. Brahme, A. (red.). Elsevier, Bind 6. s. 41-50 10 s. (Reference Module in Biomedical Sciences, Bind 6).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alternative polyadenylation of tumor suppressor genes in small intestinal neuroendocrine tumors
Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Døssing, K., Knigge, Ulrich, Kjær, Andreas, Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2014, I: Frontiers in Endocrinology. 5, 10 s., 46.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bayesian transcriptome assembly
Sørensen, L. M., Sibbesen, Jonas Andreas & Krogh, Anders, 2014, I: Genome Biology (Online Edition). 15, 10, 11 s., 501.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax
Fang, X., Nevo, E., Han, L., Levanon, E. Y., Zhao, J., Avivi, A., Larkin, D., Jiang, X., Feranchuk, S., Zhu, Y., Fishman, A., Feng, Y., Sher, N., Xiong, Z., Hankeln, T., Huang, Z., Gorbunova, V., Zhang, L., Zhao, W., Wildman, D. E. & 33 flere, , 2014, I: Nature Communications. 5, 9 s., 3966.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome
Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E. & 1 flere, , 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid detection of structural variation in a human genome using nanochannel-based genome mapping technology
Cao, H., Hastie, A. R., Cao, D., Lam, E. T., Sun, Y., Huang, H., Liu, X., Lin, L., Andrews, W., Chan, S., Huang, S., Tong, X., Requa, M., Anantharaman, T., Krogh, Anders, Yang, H., Cao, H. & Xu, X., 2014, I: GigaScience. 3, 11 s., 34.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SNPest: a probabilistic graphical model for estimating genotypes
Lindgreen, S., Krogh, Anders & Pedersen, Jakob Skou, 2014, I: BMC Research Notes. 7, 12 s., 298.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization
Qin, C., Yu, C., Shen, Y., Fang, X., Chen, L., Min, J., Cheng, J., Zhao, S., Xu, M., Luo, Y., Yang, Y., Wu, Z., Mao, L., Wu, H., Ling-Hu, C., Zhou, H., Lin, H., Gonzalez-Morales, S., Trejo-Saavedra, D. L., Tian, H. & 53 flere, , 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 14, s. 5135-5140 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen
Martin, M. D., Cappellini, Enrico, Samaniego Castruita, J. A., Zepeda Mendoza, M. L., Campos, P., Seguin-Orlando, A., Wales, N., Orlando, L. A. A., Ho, S. Y. W., Dietrich, F. S., Mieczkowski, P. A., Heitman, J., Willerslev, Eske, Krogh, Anders, Ristaino, J. B. & Gilbert, M Thomas P, 18 jul. 2013, I: Nature Communications. 4, 7 s., 2172.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse
Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, , 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A short-read multiplex sequencing method for reliable, cost-effective and high-throughput genotyping in large-scale studies: [plus] Erratum
Cao, H., Wang, Y., Zhang, W., Chai, X., Zhang, X., Chen, S., Yang, F., Zhang, C., Guo, Y., Liu, Y., Tang, Z., Chen, C., Xue, Y., Zhen, H., Xu, Y., Rao, B., Liu, T., Zhao, M., Zhang, W., Li, Y. & 6 flere, , 2013, I: Human Mutation. 34, 12, s. 1715-1720 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alterations in polyadenylation and its implications for endocrine disease
Rehfeld, Anders Aagaard, Plass, M., Krogh, Anders & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: Frontiers in Endocrinology. 4, 23 s., 53.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii
Seim, I., Fang, X., Xiong, Z., Lobanov, A. V., Huang, Z., Ma, S., Feng, Y., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lenz, T. L., Gerashchenko, M. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Jordan, D., Xiong, Y., Ma, Y., Lyapunov, A. N., Chen, G., Kulakova, O. I. & 9 flere, , 2013, I: Nature Communications. 4, 8 s., 2212.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts
Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Loss of miR-10a activates Lpo and collaborates with activated Wnt signaling in inducing intestinal Neoplasia in female mice
Stadthagen Gomez, G., Tehler, D. E., Høyland-Kroghsbo, Nina Molin, Wen, J., Krogh, Anders, Jensen, K. T., Santoni Rugiu, Eric, Engelholm, Lars Henning & Lund, Anders H., 2013, I: P L o S Genetics. 9, 10, 12 s., e1003913.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
On the accuracy of short read mapping
Menzel, K. P., Frellsen, J., Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 2013, Deep Sequencing Data Analysis. Shomron, N. (red.). Springer Science+Business Media, s. 39-59 21 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1038).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
cWords - systematic microRNA regulatory motif discovery from mRNA expression data
Rasmussen, S. H., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2013, I: Silence. 4, 2, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes
Schubert, Mikkel, Ginolhac, A., Lindgreen, S., Thompson, J. F., Al-Rasheid, K. A. S., Willerslev, Eske, Krogh, Anders & Orlando, L. A. A., 2012, I: BMC Genomics. 13, 15 s., 178.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns
Weischenfeldt, Joachim Lütken, Waage, J. E., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, Karsten, Krogh, Anders, Wang, J. & Porse, Bo Torben, 2012, I: Genome Biology (Online Edition). 13, 5, 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
microRNA-143 down-regulates Hexokinase 2 in colon cancer cells
Gregersen, Lea Haarup, Jacobsen, A., Frankel, Lisa, Wen, J., Krogh, Anders & Lund, Anders H., 2012, I: B M C Cancer. 12, 232, 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
microRNA-146a inhibits G protein-coupled receptor-mediated activation of NF-κB by targeting CARD10 and COPS8 in gastric cancer
Crone, S. G., Jacobsen, A., Federspiel, B., Bardram, L., Krogh, Anders, Lund, Anders H. & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2012, I: Molecular Cancer. 11, 71, s. 71 31 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia
Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, , 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action
Wen, J., Parker, B. J., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2011, I: R N A. 17, 5, s. 820-34 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming
Nygaard, S., Zhang, G., Schiøtt, M., Li, C., Wurm, Y., Hu, H., Zhou, J., Ji, L., Qiu, F., Rasmussen, M., Pan, H., Hauser, Frank, Krogh, Anders, Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), Wang, J. & Boomsma, Jacobus J., 2011, I: Genome Research. 21, 8, s. 1339-1348 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
miR-449 inhibits cell proliferation and is down-regulated in gastric cancer
Bou Kheir, T., Futoma-Kazmierczak, E., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Bardram, L., Hother, C., Grønbæk, Kirsten, Federspiel, B., Lund, Anders H. & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2011, I: Molecular Cancer. 10, s. 1-12 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
microRNA-101 is a potent inhibitor of autophagy
Frankel, Lisa, Wen, J., Lees, M., Høyer-Hansen, M., Farkas, T., Krogh, Anders, Jäättelä, M. & Lund, Anders H., 2011, I: E M B O Journal. 30, s. 4628-4641 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes
Nygaard, S., Braunstein, A., Malsen, G., Van Dongen, S., Gardner, P. P., Krogh, Anders, Otto, T. D., Pain, A., Berriman, M., McAuliffe, J., Dermitzakis, E. T. & Jeffares, D. C., 1 sep. 2010, I: P L o S Genetics. 6, 9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Signatures of RNA binding proteins globally coupled to effective microRNA target sites
Jacobsen, A., Wen, J., Marks, D. S. & Krogh, Anders, 1 aug. 2010, I: Genome Research. 20, 8, s. 1010-9 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo
Rasmussen, M., Li, Y., Lindgreen, S., Pedersen, J. S., Albrechtsen, A., Moltke, I., Metspalu, M., Metspalu, E., Kivisild, T., Gupta, R., Bertalan, M., Nielsen, K., Gilbert, T., Wang, Y., Raghavan, M., Campos, P., Kamp, H. L. M., Wilson, A. S., Gledhill, A., Tridico, S. & 32 flere, , 11 feb. 2010, I: Nature. 463, 7282, s. 757-762 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MicroRNA-145 targets YES and STAT1 in colon cancer cells
Gregersen, Lea Haarup, Jacobsen, A. B., Frankel, Lisa, Wen, J., Krogh, Anders & Lund, Anders H., 2010, I: PLoS ONE. 5, 1, s. e8836Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
miRMaid: a unified programming interface for microRNA data resources
Jacobsen, A., Krogh, Anders, Kauppinen, S. & Lindow, M., 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, s. 29Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
CCHMM_PROF: a HMM-based coiled-coil predictor with evolutionary information
Bartoli, L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2009, I: Bioinformatics. 25, 21, s. 2757-63 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach
Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE
Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, , 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and analysis of miRNAs in human breast cancer and teratoma samples using deep sequencing
Nygaard, S., Jacobsen, A., Lindow, M., Eriksen, J., Balslev, E., Flyger, H., Tolstrup, N., Moller, S., Krogh, Anders & Litman, T., 2009, I: B M C Medical Genomics. 2, 1, s. 35Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line
Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, , 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
57miRNA regulation during oncogene-induced senescence
Christoffersen, N. R., Frankel, Lisa, Klausen, M., Jacobsen, A., Krogh, Anders & Lund, Anders H., maj 2008.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
A generative, probabilistic model of local protein structure
Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Asap: a framework for over-representation statistics for transcription factor binding sites.
Marstrand, T. T., Frellsen, J., Moltke, Ida, Thiim, M., Valen, E., Retelska, D. & Krogh, Anders, 2008, I: PLoS ONE. 3, 2, s. e1623Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery
Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hidden Markov models for prediction of protein features.
Bystroff, C. & Krogh, Anders, 2008, I: Methods in Molecular Biology. 413, s. 173-98 25 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.
Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling promoter grammars with evolving hidden Markov models
Won, K., Sandelin, Albin Gustav, Marstrand, T. T. & Krogh, Anders, 2008, I: Bioinformatics. 24, 15, s. 1669-75 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
What are artificial neural networks?
Krogh, Anders, 2008, I: Nature Biotechnology. 26, 2, s. 195-7 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
A code for transcription initiation in mammalian genomes
Frith, M. C., Valen, E. D., Krogh, Anders, Hayashizaki, Y., Carninci, P. & Sandelin, Albin Gustav, 2007, I: Genome Research. 18, 1, s. 1-12 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Advantages of combined transmembrane topology and signal peptide prediction--the Phobius web server.
Käll, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L. L., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, Web Server issue, s. W429-32Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.
Won, K., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, s. 357Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intragenomic matching reveals a huge potential for miRNA-mediated regulation in plants.
Lindow, M., Jacobsen, A., Nygaard, S., Mang, Y. & Krogh, Anders, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 11, s. e238Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing.
Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: Bioinformatics. 23, 24, s. 3304-11 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular composition of IMP1 ribonucleoprotein granules.
Jønson, L., Vikesaa, J., Krogh, Anders, Nielsen, Lars Kamp, Hansen, T. V., Borup, R., Johnsen, A. H., Christiansen, Jan & Nielsen, Finn Cilius, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 5, s. 798-811 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiple alignment and structure prediction of non-coding RNA sequences
Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, Suppl. 8, 1 s., P8.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of Structurally-Determined Coiled-Coil Domains with Hidden Markov Models
Fariselli, P., Molinini, D., Casadio, R. & Krogh, Anders, 2007, Bioinformatics Research and Development: First International Conference, BIRD 2007 Proceedings. Hochreiter, S. & Wagner, R. (red.). Springer, s. 292-302 11 s. (Lecture Notes in Bioinformatics, Bind 4414).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays
Terkelsen, K. M., Gardner, P. P., Arctander, P. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 239Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Automatic generation of gene finders for eukaryotic species
Terkelsen, K. M. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 263Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolving the structure of hidden Markov Models
won, K. J., Prugel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2006, I: IEEE Transactions on Evolutionary Computation. 10, 1, s. 39-49Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Measuring covariation in RNA alignments: Physical realism improves information measures
Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2006, I: Bioinformatics. 22, 24, s. 2988-2995 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel overlapping coding sequences in Chlamydia trachomatis
Jensen, K. T., Petersen, L., Falk, S., Iversen, P., Andersen, P., Theisen, Michael & Krogh, Anders, 2006, I: FEMS Microbiology Reviews. 265, 1, s. 106-17Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PONGO: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane proteins
Amico, M., Finelli, M., Rossi, I., Zauli, A., Elofsson, A., Viklund, H., Heijne, G. V., Joes, D., Krogh, Anders, Fariselli, P., Luigi, M. P. & Casadio, R., 2006, I: Nucleic Acids Research. 34, s. W169-72Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sampling Realistic Protein Conformations Using Local Structural Bias
Hamelryck, Thomas Wim, Kent, J. T. & Krogh, Anders, 2006, I: PLoS ONE. 2, 9, s. e131Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
- Udgivet
An HMM posterior decoder for sequence feature prediction that includes homology information
Käll, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L. L., 2005, I: Bioinformatics. 21, 1, s. i251 - i257Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational evidence for hundreds of non-conserved plant microRNAs
Lindow, M. & Krogh, Anders, 2005, I: BMC Genomics. 6, s. 119Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction
Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large-scale prokaryotic gene prediction and comparison to genome annotation
Nielsen, P. & Krogh, Anders, 2005, I: Bioinformatics. 21, 24, s. 4322-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2004
- Udgivet
A Combined Transmembrane Topology and Signal Peptide Prediction Method
Kall, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L., 2004, I: Journal of Molecular Biology. Vol. 338 (5), s. 1027-36Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Teaching computers to fold proteins
Winther, O. & Krogh, Anders, 2004, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). Vol. 70 (3) pt. 1, s. 030903Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
The Block Hidden Markov Model for Biological Sequence Analysis
Won, K. J., Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2004, Knowledge-BasedIntelligent Informationand Engineering Systems: 8th International Conference, KES 2004, Proceedings. Negoita, M. G., Howlett, R. J. & Jain, L. (red.). Springer, Bind 1. s. 64-70 7 s. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Bind 3213).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Training HMM structure with genetic algorithm for biological sequence analysis
Won, K. J. & Krogh, Anders, 2004, I: Bioinformatics. Vol. 20 (18), s. 3613-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2003
- Udgivet
EasyGene - a prokaryotic gene finder that ranks ORFs by statistical significance
Larsen, T. S. & Krogh, Anders, 2003, I: BMC Bioinformatics. 4(1), s. 21Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of lipoprotein signal peptides in Gram-negative bacteria.
Juncker, A. S., Willenbrock, H., Heijne, G. V., Nielsen, H. & Krogh, Anders, 2003, I: Protein Science. 12(8), s. 1652-1662Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reliability measures for membrane protein topology prediction algorithms
Melén, K., Krogh, Anders & Heijne, G. V., 2003, I: Journal of Molecular Biology. 327(3), s. 735-744Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RpoD promoters in Campylobacter jejuni exhibit a strong periodic signal instead of a -35 box
Petersen, L., Larsen, T. S., Ussery, D. W., On, S. L. W. & Krogh, Anders, 2003, I: Journal of Molecular Biology. 326(5), s. 1361-1372Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2002
A sequence-profile-based HMM for predicting and discriminating β barrel membrane proteins
Martelli, P. L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2002, I: Bioinformatics. 18, Suppl. 1, s. S46-S53Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2001
- Udgivet
On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes
Skovgaard, M., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Ussery, D. & Krogh, Anders, 2001, I: Trends in Genetics. 17, 8, s. 425-8 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 9738
Flest downloads
-
6190
downloads
Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3413
downloads
microRNA-146a inhibits G protein-coupled receptor-mediated activation of NF-κB by targeting CARD10 and COPS8 in gastric cancer
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3325
downloads
Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet