Anders Krogh
Professor
Machine Learning
Universitetsparken 1, 2100 København Ø
Center for Health Data Science
Blegdamsvej 3B
2200 København N
- 2001
- Udgivet
On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes
Skovgaard, M., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Ussery, D. & Krogh, Anders, 2001, I: Trends in Genetics. 17, 8, s. 425-8 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2002
A sequence-profile-based HMM for predicting and discriminating β barrel membrane proteins
Martelli, P. L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2002, I: Bioinformatics. 18, Suppl. 1, s. S46-S53Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2003
- Udgivet
EasyGene - a prokaryotic gene finder that ranks ORFs by statistical significance
Larsen, T. S. & Krogh, Anders, 2003, I: BMC Bioinformatics. 4(1), s. 21Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of lipoprotein signal peptides in Gram-negative bacteria.
Juncker, A. S., Willenbrock, H., Heijne, G. V., Nielsen, H. & Krogh, Anders, 2003, I: Protein Science. 12(8), s. 1652-1662Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reliability measures for membrane protein topology prediction algorithms
Melén, K., Krogh, Anders & Heijne, G. V., 2003, I: Journal of Molecular Biology. 327(3), s. 735-744Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RpoD promoters in Campylobacter jejuni exhibit a strong periodic signal instead of a -35 box
Petersen, L., Larsen, T. S., Ussery, D. W., On, S. L. W. & Krogh, Anders, 2003, I: Journal of Molecular Biology. 326(5), s. 1361-1372Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2004
- Udgivet
A Combined Transmembrane Topology and Signal Peptide Prediction Method
Kall, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L., 2004, I: Journal of Molecular Biology. Vol. 338 (5), s. 1027-36Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Teaching computers to fold proteins
Winther, O. & Krogh, Anders, 2004, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). Vol. 70 (3) pt. 1, s. 030903Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
The Block Hidden Markov Model for Biological Sequence Analysis
Won, K. J., Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2004, Knowledge-BasedIntelligent Informationand Engineering Systems: 8th International Conference, KES 2004, Proceedings. Negoita, M. G., Howlett, R. J. & Jain, L. (red.). Springer, Bind 1. s. 64-70 7 s. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Bind 3213).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Training HMM structure with genetic algorithm for biological sequence analysis
Won, K. J. & Krogh, Anders, 2004, I: Bioinformatics. Vol. 20 (18), s. 3613-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
- Udgivet
An HMM posterior decoder for sequence feature prediction that includes homology information
Käll, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L. L., 2005, I: Bioinformatics. 21, 1, s. i251 - i257Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational evidence for hundreds of non-conserved plant microRNAs
Lindow, M. & Krogh, Anders, 2005, I: BMC Genomics. 6, s. 119Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction
Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large-scale prokaryotic gene prediction and comparison to genome annotation
Nielsen, P. & Krogh, Anders, 2005, I: Bioinformatics. 21, 24, s. 4322-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays
Terkelsen, K. M., Gardner, P. P., Arctander, P. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 239Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Automatic generation of gene finders for eukaryotic species
Terkelsen, K. M. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 263Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolving the structure of hidden Markov Models
won, K. J., Prugel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2006, I: IEEE Transactions on Evolutionary Computation. 10, 1, s. 39-49Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Measuring covariation in RNA alignments: Physical realism improves information measures
Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2006, I: Bioinformatics. 22, 24, s. 2988-2995 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel overlapping coding sequences in Chlamydia trachomatis
Jensen, K. T., Petersen, L., Falk, S., Iversen, P., Andersen, P., Theisen, Michael & Krogh, Anders, 2006, I: FEMS Microbiology Reviews. 265, 1, s. 106-17Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PONGO: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane proteins
Amico, M., Finelli, M., Rossi, I., Zauli, A., Elofsson, A., Viklund, H., Heijne, G. V., Joes, D., Krogh, Anders, Fariselli, P., Luigi, M. P. & Casadio, R., 2006, I: Nucleic Acids Research. 34, s. W169-72Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sampling Realistic Protein Conformations Using Local Structural Bias
Hamelryck, Thomas Wim, Kent, J. T. & Krogh, Anders, 2006, I: PLoS ONE. 2, 9, s. e131Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
A code for transcription initiation in mammalian genomes
Frith, M. C., Valen, E. D., Krogh, Anders, Hayashizaki, Y., Carninci, P. & Sandelin, Albin Gustav, 2007, I: Genome Research. 18, 1, s. 1-12 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Advantages of combined transmembrane topology and signal peptide prediction--the Phobius web server.
Käll, L., Krogh, Anders & Sonnhammer, E. L. L., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, Web Server issue, s. W429-32Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.
Won, K., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, s. 357Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intragenomic matching reveals a huge potential for miRNA-mediated regulation in plants.
Lindow, M., Jacobsen, A., Nygaard, S., Mang, Y. & Krogh, Anders, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 11, s. e238Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing.
Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: Bioinformatics. 23, 24, s. 3304-11 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular composition of IMP1 ribonucleoprotein granules.
Jønson, L., Vikesaa, J., Krogh, Anders, Nielsen, Lars Kamp, Hansen, T. V., Borup, R., Johnsen, A. H., Christiansen, Jan & Nielsen, Finn Cilius, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 5, s. 798-811 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiple alignment and structure prediction of non-coding RNA sequences
Lindgreen, S., Gardner, P. P. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, Suppl. 8, 1 s., P8.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of Structurally-Determined Coiled-Coil Domains with Hidden Markov Models
Fariselli, P., Molinini, D., Casadio, R. & Krogh, Anders, 2007, Bioinformatics Research and Development: First International Conference, BIRD 2007 Proceedings. Hochreiter, S. & Wagner, R. (red.). Springer, s. 292-302 11 s. (Lecture Notes in Bioinformatics, Bind 4414).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
A generative, probabilistic model of local protein structure
Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Asap: a framework for over-representation statistics for transcription factor binding sites.
Marstrand, T. T., Frellsen, J., Moltke, Ida, Thiim, M., Valen, E., Retelska, D. & Krogh, Anders, 2008, I: PLoS ONE. 3, 2, s. e1623Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery
Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hidden Markov models for prediction of protein features.
Bystroff, C. & Krogh, Anders, 2008, I: Methods in Molecular Biology. 413, s. 173-98 25 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.
Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling promoter grammars with evolving hidden Markov models
Won, K., Sandelin, Albin Gustav, Marstrand, T. T. & Krogh, Anders, 2008, I: Bioinformatics. 24, 15, s. 1669-75 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
What are artificial neural networks?
Krogh, Anders, 2008, I: Nature Biotechnology. 26, 2, s. 195-7 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
57miRNA regulation during oncogene-induced senescence
Christoffersen, N. R., Frankel, Lisa, Klausen, M., Jacobsen, A., Krogh, Anders & Lund, Anders H., maj 2008.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- 2009
- Udgivet
CCHMM_PROF: a HMM-based coiled-coil predictor with evolutionary information
Bartoli, L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2009, I: Bioinformatics. 25, 21, s. 2757-63 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach
Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE
Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, , 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and analysis of miRNAs in human breast cancer and teratoma samples using deep sequencing
Nygaard, S., Jacobsen, A., Lindow, M., Eriksen, J., Balslev, E., Flyger, H., Tolstrup, N., Moller, S., Krogh, Anders & Litman, T., 2009, I: B M C Medical Genomics. 2, 1, s. 35Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line
Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, , 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
MicroRNA-145 targets YES and STAT1 in colon cancer cells
Gregersen, Lea Haarup, Jacobsen, A. B., Frankel, Lisa, Wen, J., Krogh, Anders & Lund, Anders H., 2010, I: PLoS ONE. 5, 1, s. e8836Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
miRMaid: a unified programming interface for microRNA data resources
Jacobsen, A., Krogh, Anders, Kauppinen, S. & Lindow, M., 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, s. 29Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo
Rasmussen, M., Li, Y., Lindgreen, S., Pedersen, J. S., Albrechtsen, A., Moltke, I., Metspalu, M., Metspalu, E., Kivisild, T., Gupta, R., Bertalan, M., Nielsen, K., Gilbert, T., Wang, Y., Raghavan, M., Campos, P., Kamp, H. L. M., Wilson, A. S., Gledhill, A., Tridico, S. & 32 flere, , 11 feb. 2010, I: Nature. 463, 7282, s. 757-762 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Signatures of RNA binding proteins globally coupled to effective microRNA target sites
Jacobsen, A., Wen, J., Marks, D. S. & Krogh, Anders, 1 aug. 2010, I: Genome Research. 20, 8, s. 1010-9 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes
Nygaard, S., Braunstein, A., Malsen, G., Van Dongen, S., Gardner, P. P., Krogh, Anders, Otto, T. D., Pain, A., Berriman, M., McAuliffe, J., Dermitzakis, E. T. & Jeffares, D. C., 1 sep. 2010, I: P L o S Genetics. 6, 9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia
Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, , 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action
Wen, J., Parker, B. J., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2011, I: R N A. 17, 5, s. 820-34 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming
Nygaard, S., Zhang, G., Schiøtt, M., Li, C., Wurm, Y., Hu, H., Zhou, J., Ji, L., Qiu, F., Rasmussen, M., Pan, H., Hauser, Frank, Krogh, Anders, Grimmelikhuijzen, Cornelis (Cok), Wang, J. & Boomsma, Jacobus J., 2011, I: Genome Research. 21, 8, s. 1339-1348 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 9738
Flest downloads
-
6187
downloads
Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3413
downloads
microRNA-146a inhibits G protein-coupled receptor-mediated activation of NF-κB by targeting CARD10 and COPS8 in gastric cancer
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3325
downloads
Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet