Anders Krogh

Anders Krogh

Professor


  1. Udgivet

    Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes

    Schubert, Mikkel, Ginolhac, A., Lindgreen, S., Thompson, J. F., Al-Rasheid, K. A. S., Willerslev, Eske, Krogh, Anders & Orlando, L. A. A., 2012, I: BMC Genomics. 13, 15 s., 178.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data

    Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, 2023, I: Bioinformatics. 39, 9, 14 s., btad497.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    A manifold learning perspective on representation learning: Learning decoder and representations without an encoder

    Schuster, Viktoria & Krogh, Anders, nov. 2021, I: Entropy. 23, 11, 14 s., 1403.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii

    Seim, I., Fang, X., Xiong, Z., Lobanov, A. V., Huang, Z., Ma, S., Feng, Y., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lenz, T. L., Gerashchenko, M. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Jordan, D., Xiong, Y., Ma, Y., Lyapunov, A. N., Chen, G., Kulakova, O. I. & 9 flere, Sun, Y., Lee, S., Bronson, R. T., Moskalev, A. A., Sunyaev, S. R., Zhang, G., Krogh, Anders, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2013, I: Nature Communications. 4, 8 s., 2212.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs

    Sibbesen, Jonas Andreas, Maretty, L., Krogh, Anders, Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Guo, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J. & Brunak, Søren, 2018, I: Nature Genetics. 50, s. 1054-1059 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion

    Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes

    Skovgaard, M., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Ussery, D. & Krogh, Anders, 2001, I: Trends in Genetics. 17, 8, s. 425-8 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Loss of miR-10a activates Lpo and collaborates with activated Wnt signaling in inducing intestinal Neoplasia in female mice

    Stadthagen Gomez, G., Tehler, D. E., Høyland-Kroghsbo, Nina Molin, Wen, J., Krogh, Anders, Jensen, K. T., Santoni Rugiu, Eric, Engelholm, Lars Henning & Lund, Anders H., 2013, I: P L o S Genetics. 9, 10, 12 s., e1003913.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line

    Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, Asahara, H., Bailey, T., Bajic, V. B., Bauer, D., Beckhouse, A. G., Bertin, N., Björkegren, J., Brombacher, F., Bulger, E., Chalk, A. M., Chiba, J., Cloonan, N., Dawe, A., Dostie, J., Engström, P. G., Essack, M., Faulkner, G. J., Fink, J. L., Fredman, D., Fujimori, K., Furuno, M., Gojobori, T., Gough, J., Grimmond, S. M., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Nygaard, S., Sandelin, Albin Gustav, Valen, E., Winther, Ole & Riken Omics Science Center, R. O. S. C., 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference

    Sørensen, L. M., Jensen, J. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Villesen, P., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R., Ye, W., Rao, J., Guo, X. & 39 flere, Sun, J., Cao, H., Ye, C., van Beusekom, J., Espeseth, T., Flindt, E., Friborg, R. M., Halager, A. E., Le Hellard, S., Hultman, C. M., Lescai, F., Li, S., Lund, O., Løngren, P., Mailund, T., Matey-Hernandez, M. L., Mors, O., Pedersen, C. N. S., Sicheritz-Pontén, T., Sullivan, P., Syed, A., Westergaard, David, Yadav, R., Li, N., Xu, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Bolund, L., Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Gupta, R., Rasmussen, Simon, Besenbacher, S., Børglum, A. D., Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren & Schierup, M. H., 2017, I: Nature. 548, 7665, s. 87-91 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Bayesian transcriptome assembly

    Sørensen, L. M., Sibbesen, Jonas Andreas & Krogh, Anders, 2014, I: Genome Biology (Online Edition). 15, 10, 11 s., 501.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery

    Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays

    Terkelsen, K. M., Gardner, P. P., Arctander, P. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 239

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Automatic generation of gene finders for eukaryotic species

    Terkelsen, K. M. & Krogh, Anders, 2006, I: BMC Bioinformatics. 7, 263

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Secreted breast tumor interstitial fluid microRNAs and their target genes are associated with triple-negative breast cancer, tumor grade, and immune infiltration

    Terkelsen, T., Russo, F., Gromov, P., Haakensen, V. D., Brunak, Søren, Gromova, I., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: Breast Cancer Research. 22, 1, 36 s., 73.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    CAncer bioMarker Prediction Pipeline (CAMPP) - A standardized framework for the analysis of quantitative biological data

    Terkelsen, T., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: PLOS Computational Biology. 16, 3, 20 s., e1007665.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    High-throughput proteomics of breast cancer interstitial fluid: identification of tumor subtype-specific serologically relevant biomarkers

    Terkelsen, T., Pernemalm, M., Gromov, P., Borresen-Dale, A., Krogh, Anders, Haakensen, V. D., Lethio, J., Papaleo, E. & Gromova, I., 2021, I: Molecular Oncology. 15, 2, s. 429-461 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Taxonomic classification method for metagenomics based on core protein families with Core-Kaiju

    Tovo, A., Menzel, P., Krogh, Anders, Cosentino Lagomarsino, M. & Suweis, S., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 16, 13 s., e93.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE

    Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, Hayashizaki, Y., Gustincich, S., Sandelin, Albin Gustav & Carninci, P., 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

    Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

    Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

    Weischenfeldt, Joachim Lütken, Waage, J. E., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, Karsten, Krogh, Anders, Wang, J. & Porse, Bo Torben, 2012, I: Genome Biology (Online Edition). 13, 5, 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response

    Wen, J., Leucci, E., Vendramin, R., Kauppinen, S., Lund, Anders H., Krogh, Anders & Parker, B. J., 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 13, s. 6207-6221 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action

    Wen, J., Parker, B. J., Jacobsen, A. & Krogh, Anders, 2011, I: R N A. 17, 5, s. 820-34 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Teaching computers to fold proteins

    Winther, O. & Krogh, Anders, 2004, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). Vol. 70 (3) pt. 1, s. 030903

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

ID: 9738