Anders Krogh

Anders Krogh

Professor


  1. Udgivet

    BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery

    Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    Bayesian transcriptome assembly

    Sørensen, L. M., Sibbesen, Jonas Andreas & Krogh, Anders, 2014, I: Genome Biology (Online Edition). 15, 10, 11 s., 501.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Benchmarking the HLA typing performance of Polysolver and Optitype in 50 Danish parental trios

    Matey-Hernandez, M. L., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Sun, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff & Kristiansen, Karsten, 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, s. 1-12 239.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    CAncer bioMarker Prediction Pipeline (CAMPP) - A standardized framework for the analysis of quantitative biological data

    Terkelsen, T., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: PLOS Computational Biology. 16, 3, 20 s., e1007665.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    CCHMM_PROF: a HMM-based coiled-coil predictor with evolutionary information

    Bartoli, L., Fariselli, P., Krogh, Anders & Casadio, R., 2009, I: Bioinformatics. 25, 21, s. 2757-63 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

    Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Comparative metagenomics of eight geographically remote terrestrial hot springs

    Menzel, P., Islin, S. R., Rike, A. G., Lin, L., Zhang, Q., Contursi, P., Moracci, M., Kristjansson, J. K., Bolduc, B., Gavrilov, S., Ravin, N., Mardanov, A., Bonch-Osmolovskaya, E., Young, M., Krogh, Anders & Peng, Xu, 2015, I: Microbial Ecology. 70, 2, s. 411-424 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients

    Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Computational evidence for hundreds of non-conserved plant microRNAs

    Lindow, M. & Krogh, Anders, 2005, I: BMC Genomics. 6, s. 119

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Context dependency of nucleotide probabilities and variants in human DNA

    Liang, Yuhu, Grønbæk, Christian, Fariselli, P. & Krogh, Anders, 2022, I: BMC Genomics. 23, 1, 15 s., 87.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Context dependent prediction in DNA sequence using neural networks

    Grønbæk, Christian, Liang, Yuhu, Elliott, Desmond & Krogh, Anders, 2022, I: PeerJ. 10, 22 s., e13666.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

    Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale

    Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Belling, K. G. & Rasmussen, Simon, 2015, I: GigaScience. 4, 13 s., 64.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    EasyGene - a prokaryotic gene finder that ranks ORFs by statistical significance

    Larsen, T. S. & Krogh, Anders, 2003, I: BMC Bioinformatics. 4(1), s. 21

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction

    Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Evolving the structure of hidden Markov Models

    won, K. J., Prugel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2006, I: IEEE Transactions on Evolutionary Computation. 10, 1, s. 39-49

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju

    Menzel, P., Ng, K. L. & Krogh, Anders, 2016, I: Nature Communications. 7, 9 s., 11257.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii

    Seim, I., Fang, X., Xiong, Z., Lobanov, A. V., Huang, Z., Ma, S., Feng, Y., Turanov, A. A., Zhu, Y., Lenz, T. L., Gerashchenko, M. V., Fan, D., Yim, S. H., Yao, X., Jordan, D., Xiong, Y., Ma, Y., Lyapunov, A. N., Chen, G., Kulakova, O. I. & 9 flere, Sun, Y., Lee, S., Bronson, R. T., Moskalev, A. A., Sunyaev, S. R., Zhang, G., Krogh, Anders, Wang, J. & Gladyshev, V. N., 2013, I: Nature Communications. 4, 8 s., 2212.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax

    Fang, X., Nevo, E., Han, L., Levanon, E. Y., Zhao, J., Avivi, A., Larkin, D., Jiang, X., Feranchuk, S., Zhu, Y., Fishman, A., Feng, Y., Sher, N., Xiong, Z., Hankeln, T., Huang, Z., Gorbunova, V., Zhang, L., Zhao, W., Wildman, D. E. & 33 flere, Xiong, Y., Gudkov, A., Zheng, Q., Rechavi, G., Liu, S., Bazak, L., Chen, J., Knisbacher, B. A., Lu, Y., Shams, I., Gajda, K., Farre, M., Kim, J., Lewin, H. A., Ma, J., Band, M., Bicker, A., Kranz, A., Mattheus, T., Schmidt, H., Seluanov, A., Azpurua, J., McGowen, M. R., Ben Jacob, E., Li, K., Peng, S., Zhu, X., Liao, X., Li, S., Krogh, Anders, Zhou, X., Brodsky, L. & Wang, J., 2014, I: Nature Communications. 5, 9 s., 3966.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE

    Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, Hayashizaki, Y., Gustincich, S., Sandelin, Albin Gustav & Carninci, P., 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

    Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E. & 1 flere, Orlando, L. A. A., 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History

    Liu, S., Huang, S., Chen, F., Zhao, L., Yuan, Y., Francis, S. S., Fang, L., Li, Z., Lin, L., Liu, R., Zhang, Y., Xu, H., Li, S., Zhou, Y., Davies, R. W., Liu, Q., Walters, R. G., Lin, K., Ju, J., Komeliussen, T. & 18 flere, Yang, M. A., Fu, Q., Wang, J., Zhou, L., Krogh, Anders, Zhang, H., Wang, W., Chen, Z., Cai, Z., Yin, Y., Yang, H., Mao, M., Shendure, J., Wang, J., Albrechtsen, Anders, Jin, X., Nielsen, Rasmus & Xu, X., 2018, I: Cell. 175, 2, s. 347-359, e1-e7

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Hidden Markov models for prediction of protein features.

    Bystroff, C. & Krogh, Anders, 2008, I: Methods in Molecular Biology. 413, s. 173-98 25 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    High-throughput proteomics of breast cancer interstitial fluid: identification of tumor subtype-specific serologically relevant biomarkers

    Terkelsen, T., Pernemalm, M., Gromov, P., Borresen-Dale, A., Krogh, Anders, Haakensen, V. D., Lethio, J., Papaleo, E. & Gromova, I., 2021, I: Molecular Oncology. 15, 2, s. 429-461 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Highly accessible AU-rich regions in 3' untranslated regions are hotspots for binding of regulatory factors

    Plass, M., Rasmussen, S. H. & Krogh, Anders, 14 apr. 2017, I: PLoS Computational Biology. 13, 4, 26 s., e1005460.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 9738