Wouter Boomsma

Wouter Boomsma

Professor

ORCID: 0000-0002-8257-3827

Udgivelsesår:
Alle
1 - 50 ud af 62Pr. side: 50
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2003

  2. Using adaptive operator scheduling on problem domains with an operator manifold: applications to the travelling salesman problem

    Boomsma, Wouter, 2003, The 2003 Congress on Evolutionary Computation, 2003. CEC'03. IEEE, s. 1274-1279 6 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  3. 2004

  4. A comparison of adaptive operator scheduling methods on the traveling salesman problem

    Boomsma, Wouter, 2004, Evolutionary Computation in Combinatorial Optimization: 4th European Conference, EvoCOP 2004, Coimbra, Portugal, April 5-7, 2004. Proceedings. Gottlieb, J. & Raidl, G. R. (red.). Springer, s. 31-40 10 s. (Lecture notes in computer science, Bind 3004).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  5. Multiple sequence alignment using SAGA: investigating the effects of operator scheduling, population seeding, and crossover operators

    Thomsen, R. & Boomsma, Wouter, 2004, Applications of Evolutionary Computing: EvoWorkshops 2004: EvoBIO, EvoCOMNET, EvoHOT, EvoISAP, EvoMUSART, and EvoSTOC, Coimbra, Portugal, April 5-7, 2004. Proceedings. Raidl, G. R. (red.). Springer, s. 113-122 10 s. (Lecture notes in computer science, Bind 3005).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  6. 2005
  7. Udgivet

    Full cyclic coordinate descent: solving the protein loop closure problem in Cα space

    Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2005, I: BMC Bioinformatics. 6, 10 s., 159.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. 2006
  9. Udgivet

    Graphical models and directional statistics capture protein structure

    Boomsma, Wouter, Kent, J. T., Mardia, K. V., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2006, Interdisciplinary Statistics and Bioinformatics. Barber, S., Baxter, P. D., Mardia, K. V. & Walls, R. E. (red.). Leeds University Press, s. 91-94 4 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  10. 2007
  11. Udgivet

    Ancient biomolecules from deep ice cores reveal a forested southern Greenland.

    Willerslev, E., Cappellini, E., Boomsma, W. K., Nielsen, R., Hebsgaard, M. B., Brand, T. B., Hofreiter, M., Bunce, M., Poinar, H. N., Dahl-Jensen, D., Johnsen, S. J., Steffensen, J. P., Bennike, O., Schwenninger, J-L., Nathan, R., Armitage, S., de Hoog, C-J., Alfimov, V., Christl, M., Beer, J. & 10 flere, Muscheler, R., Barker, J., Sharp, M., Penkman, K. E. H., Haile, J., Taberlet, P., Gilbert, M Thomas P, Casoli, A., Campani, E. & Collins, M. J., 2007, I: Science. 317, 5834, s. 111-114 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. 2008
  13. Udgivet

    A generative, probabilistic model of local protein structure

    Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    Fast phylogenetic DNA barcoding

    Terkelsen, K. M., Boomsma, Wouter, Willerslev, Eske & Nielsen, Rasmus, 2008, I: Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Biological Sciences. 363, 1512, s. 3997-4002 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Protein Structure: Probabilistic Modeling and Simulation

    Boomsma, Wouter, 2008, Department of Biology: Museum Tusculanum. 106 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning

  16. Udgivet

    Statistical assignment of DNA sequences using Bayesian phylogenetics

    Terkelsen, K. M., Boomsma, Wouter, Huelsenbeck, J. P., Willerslev, Eske & Nielsen, Rasmus, 2008, I: Systematic Biology. 57, 5, s. 750-757 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. 2009
  18. Udgivet

    A probabilistic approach to protein structure prediction: PHAISTOS in CASP8

    Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, LASR 2009 — Statistical Tools for Challenges in Bioinformatics. Proceedings. Gusnanto, A., Mardia, K. V. & Fallaize, C. J. (red.). University of Leeds, s. 65-70 6 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    A probabilistic approach to protein structureprediction: PHAISTOS in CASP8

    Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K. V., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: School of Mathematics. s. 65-70

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. 2010
  21. Udgivet

    Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized

    Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Beyond rotamers: a generative, probabilistic model of side chains in proteins

    Harder, T., Boomsma, Wouter, Paluszewski, M., Frellsen, J., Johansson, Kristoffer Enøe & Hamelryck, Thomas Wim, 1 jan. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 306

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. 2011
  24. Udgivet

    Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning

  25. Udgivet

    Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination

    Olsson, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  26. Udgivet

    Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force

    Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 1 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

  27. 2012
  28. Udgivet

    An efficient null model for conformational fluctuations in proteins

    Harder, T. P., Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Olsson, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Structure. 20, 6, s. 1028-1039 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  29. Udgivet

    Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals

    Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, Wouter, Røgen, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  31. Udgivet

    Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  32. 2013
  33. Udgivet

    A sticky cage can slow down folding

    Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  34. Udgivet

    Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data

    Olsson, S., Frellsen, J., Boomsma, Wouter, Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: PLoS ONE. 8, 11, 7 s., e79439.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  35. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  36. Udgivet

    Phaistos user manual

    Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

  37. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. 2014
  39. Udgivet

    Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle

    Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. Conformational and aggregation properties of the 1-93 fragment of apolipoprotein A-I

    Petrlova, J., Bhattacherjee, A., Boomsma, Wouter, Wallin, S., Lagerstedt, J. O. & Irbäck, A., 2014, I: Protein Science. 23, 11, s. 1559-1571 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  41. Udgivet

    Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

    Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. Udgivet

    Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method

    Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  43. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. Udgivet

    Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

    Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. .., Lindorff-Larsen, Kresten, Irbäck, A. & Boomsma, Wouter, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  45. 2015
  46. Udgivet

    Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace

    Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. Udgivet

    ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison

    Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. Udgivet

    Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem

    Hamelryck, Thomas Wim, Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  49. Udgivet

    Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. Udgivet

    What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  51. 2016
  52. Udgivet

    A Monte Carlo study of the early steps of functional amyloid formation

    Tian, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Boomsma, Wouter, Jensen, Mogens Høgh & Otzen, D. E., 2016, I: P L o S One. 11, 1, 18 s., e0146096.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  53. Udgivet

    Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data

    Antonov, L. D., Olsson, S., Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2016, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 18, 8, s. 5832-5838 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  54. Udgivet

    Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases

    Boomsma, Wouter, Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Hartmann-Petersen, Rasmus & Ellgaard, Lars, 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  55. Udgivet

    Rapid expansion of the protein disulfide isomerase gene family facilitates the folding of venom peptides

    Safavi, Helena, Li, Q., Jackson, R. L., Song, A. S., Boomsma, Wouter, Bandyopadhyay, P. K., Gruber, C. W., Purcell, A. W., Yandell, M., Olivera, B. M. & Ellgaard, Lars, 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 12, s. 3227-3232 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  56. Udgivet

    Structure of the bacterial cytoskeleton protein bactofilin by NMR chemical shifts and sequence variation

    Kassem, M. M., Wang, Y., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: Biophysical Journal. 110, 11, s. 2342-2348 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  57. 2017
  58. Udgivet

    Spherical convolutions and their application in molecular modelling

    Boomsma, Wouter & Frellsen, J., 2017, Neural Information Processing Systems 2017. Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (red.). NIPS Proceedings, 11 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 30).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  59. 2018
  60. Udgivet

    3D steerable CNNs: Learning rotationally equivariant features in volumetric data

    Weiler, M., Geiger, M., Welling, M., Boomsma, Wouter & Cohen, T., 2018, Proceedings of the 32nd International Conference on Neural Information Processing Systems. derc udg. NIPS Proceedings, Bind 2018. s. 10381-10392 12 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 31).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  61. Udgivet

    Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias

    Wang, Y., Tian, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  62. Udgivet

    Driving Structural Transitions in Molecular Simulations Using the Nonequilibrium Candidate Monte Carlo

    Kurut, A., Fonseca, R. & Boomsma, Wouter, 25 jan. 2018, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 122, 3, s. 1195-1204

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  63. 2019
  64. Udgivet

    Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories

    Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  65. Udgivet

    Random coil chemical shifts for serine, threonine and tyrosine phosphorylation over a broad pH range

    Hendus-Altenburger, R., Fernandes, Catarina, Bugge, K., Kunze, M. B. A., Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 2019, I: Journal of Biomolecular NMR. 73, 12, s. 713–725 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  66. Udgivet

    The PCNA interaction motifs revisited: thinking outside the PIP-box

    Prestel, Andreas, Wichmann, N., Martins, J. M., Marabini, R., Kassem, N., Broendum, S. S., Otterlei, M., Nielsen, Olaf, Willemoës, Martin, Ploug, Michael, Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 2019, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 76, 24, s. 4923-4943

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  67. 2020
  68. Udgivet

    Context Matters in Disorder Based Protein Communication

    Kragelund, Birthe Brandt, Prestel, Andreas, Wickmann, N., Martins, J., Boomsma, Wouter, Staby, L., Hendus-Altenburger, R. & Skriver, Karen, 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, suppl. 1, s. 491A 2407-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 Næste

ID: 40103911