Wouter Boomsma

Wouter Boomsma

Professor

ORCID: 0000-0002-8257-3827

Udgivelsesår:
Alle
26 - 50 ud af 62Pr. side: 25
Sortering: Udgivelsesår
  1. 2015
  2. Udgivet

    Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem

    Hamelryck, Thomas Wim, Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace

    Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison

    Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. 2014
  8. Udgivet

    Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle

    Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

    Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Conformational and aggregation properties of the 1-93 fragment of apolipoprotein A-I

    Petrlova, J., Bhattacherjee, A., Boomsma, Wouter, Wallin, S., Lagerstedt, J. O. & Irbäck, A., 2014, I: Protein Science. 23, 11, s. 1559-1571 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

    Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. .., Lindorff-Larsen, Kresten, Irbäck, A. & Boomsma, Wouter, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method

    Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. 2013
  15. Udgivet

    A sticky cage can slow down folding

    Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  16. Udgivet

    Phaistos user manual

    Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

  17. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data

    Olsson, S., Frellsen, J., Boomsma, Wouter, Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: PLoS ONE. 8, 11, 7 s., e79439.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. 2012
  21. Udgivet

    Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    An efficient null model for conformational fluctuations in proteins

    Harder, T. P., Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Olsson, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Structure. 20, 6, s. 1028-1039 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Udgivet

    Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals

    Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, Wouter, Røgen, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. 2011
  26. Udgivet

    Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning

  27. Udgivet

    Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination

    Olsson, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  28. Udgivet

    Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force

    Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 1 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

  29. 2010
  30. Udgivet

    Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized

    Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Udgivet

    Beyond rotamers: a generative, probabilistic model of side chains in proteins

    Harder, T., Boomsma, Wouter, Paluszewski, M., Frellsen, J., Johansson, Kristoffer Enøe & Hamelryck, Thomas Wim, 1 jan. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 306

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 40103911