Wouter Boomsma
Professor
Machine Learning
Universitetsparken 1
2100 København Ø
- Udgivet
Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data
Antonov, L. D., Olsson, S., Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2016, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 18, 8, s. 5832-5838 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adaptive Cholesky Gaussian Processes
Bartels, S., Stensbo-Smidt, K., Moreno-Muñoz, P., Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hauberg, S., 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 206, s. 408--452 44 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Kernel-Matrix Determinant Estimates from stopped Cholesky Decomposition
Bartels, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Garreau, D., 2023, I: Journal of Machine Learning Research. 24, s. 1-57 71.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid protein stability prediction using deep learning representations
Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Full cyclic coordinate descent: solving the protein loop closure problem in Cα space
Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2005, I: BMC Bioinformatics. 6, 10 s., 159.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A sticky cage can slow down folding
Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Graphical models and directional statistics capture protein structure
Boomsma, Wouter, Kent, J. T., Mardia, K. V., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2006, Interdisciplinary Statistics and Bioinformatics. Barber, S., Baxter, P. D., Mardia, K. V. & Walls, R. E. (red.). Leeds University Press, s. 91-94 4 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
Using adaptive operator scheduling on problem domains with an operator manifold: applications to the travelling salesman problem
Boomsma, Wouter, 2003, The 2003 Congress on Evolutionary Computation, 2003. CEC'03. IEEE, s. 1274-1279 6 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
A comparison of adaptive operator scheduling methods on the traveling salesman problem
Boomsma, Wouter, 2004, Evolutionary Computation in Combinatorial Optimization: 4th European Conference, EvoCOP 2004, Coimbra, Portugal, April 5-7, 2004. Proceedings. Gottlieb, J. & Raidl, G. R. (red.). Springer, s. 31-40 10 s. (Lecture notes in computer science, Bind 3004).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phaistos user manual
Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning
- Udgivet
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure
Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases
Boomsma, Wouter, Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Hartmann-Petersen, Rasmus & Ellgaard, Lars, 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A generative, probabilistic model of local protein structure
Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts
Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spherical convolutions and their application in molecular modelling
Boomsma, Wouter & Frellsen, J., 2017, Neural Information Processing Systems 2017. Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (red.). NIPS Proceedings, 11 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 30).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle
Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications
Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein Structure: Probabilistic Modeling and Simulation
Boomsma, Wouter, 2008, Department of Biology: Museum Tusculanum. 106 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning
- Udgivet
A probabilistic approach to protein structure prediction: PHAISTOS in CASP8
Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, LASR 2009 — Statistical Tools for Challenges in Bioinformatics. Proceedings. Gusnanto, A., Mardia, K. V. & Fallaize, C. J. (red.). University of Leeds, s. 65-70 6 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A probabilistic approach to protein structureprediction: PHAISTOS in CASP8
Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K. V., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: School of Mathematics. s. 65-70Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins
Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning
- Udgivet
Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories
Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems
Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Learning meaningful representations of protein sequences
Detlefsen, N. S., Hauberg, S. & Boomsma, Wouter, 2022, I: Nature Communications. 13, 1, s. 1-12 1914.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 40103911
Flest downloads
-
2308
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1431
downloads
Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1429
downloads
Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet