Thomas Wim Hamelryck
Professor
Bioinformatik og RNA Biologi
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
Programming Languages and Theory of Computing
Universitetsparken 5
2100 København Ø
- 2005
- Udgivet
Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction
Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Full cyclic coordinate descent: solving the protein loop closure problem in Cα space
Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2005, I: BMC Bioinformatics. 6, 10 s., 159.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
Diverse bacterial genomes encode an operon of two genes, one of which is a unusual class-I release factor that potentially recognizes atypical mRNA signals other than normal stop codons
Baranov, P., Vestergaard, Bente, Hamelryck, Thomas Wim, Gesteland, Nyborg, J. & Atking, J., 2006, I: Biology Direct. 13, s. 1-28 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graphical models and directional statistics capture protein structure
Boomsma, Wouter, Kent, J. T., Mardia, K. V., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2006, Interdisciplinary Statistics and Bioinformatics. Barber, S., Baxter, P. D., Mardia, K. V. & Walls, R. E. (red.). Leeds University Press, s. 91-94 4 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein structure prediction using tabu search and half-sphere exposure measure
Paluszewski, M., Hamelryck, Thomas Wim & Winter, Pawel, 2006.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Reconstructing protein structure from solvent exposure using tabu search
Paluszewski, M., Hamelryck, Thomas Wim & Winter, Pawel, 2006, I: Algorithms for Molecular Biology. 1, s. 14Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sampling Realistic Protein Conformations Using Local Structural Bias
Hamelryck, Thomas Wim, Kent, J. T. & Krogh, Anders, 2006, I: PLoS ONE. 2, 9, s. e131Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.
Won, K., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, s. 357Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatic and experimental analysis of the secondary structure of amelogenin
Vilhjalmsson, B., Rasmussen, Anne, Fabi, B., van de Weert, Marco, Hamelryck, Thomas Wim & Lemoult, S., 1 nov. 2007, I: European Cells and Materials. 14, SUPPL.2, 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
A generative, probabilistic model of local protein structure
Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
A probabilistic approach to protein structure prediction: PHAISTOS in CASP8
Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, LASR 2009 — Statistical Tools for Challenges in Bioinformatics. Proceedings. Gusnanto, A., Mardia, K. V. & Fallaize, C. J. (red.). University of Leeds, s. 65-70 6 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A probabilistic approach to protein structureprediction: PHAISTOS in CASP8
Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K. V., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: School of Mathematics. s. 65-70Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A probabilistic model of RNA conformational space
Frellsen, J., Moltke, Ida, Thiim, M., Mardia, K. V., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 6, s. e1000406Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics
Cock, P. J. A., Antao, T., Chang, J. T., Chapman, B. A., Cox, C. J., Dalke, A., Friedberg, I., Hamelryck, Thomas Wim, Kauff, F., Wilczynski, B. & de Hoon, M. J. L., 2009, I: Bioinformatics. 25, 11, s. 1422-3 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Probabilistic models and machine learning in structural bioinformatics
Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: Statistical Methods in Medical Research. 18, 5, s. 505-26 21 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
Mocapy++ - a toolkit for inference and learning in dynamic Bayesian networks
Paluszewski, M. & Hamelryck, Thomas Wim, 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, 6 s., 126.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized
Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Beyond rotamers: a generative, probabilistic model of side chains in proteins
Harder, T., Boomsma, Wouter, Paluszewski, M., Frellsen, J., Johansson, Kristoffer Enøe & Hamelryck, Thomas Wim, 1 jan. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 306Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Calculation of accurate small angle X-ray scattering curves from coarse-grained protein models
Stovgaard, K., Andreetta, C., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 1 jan. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 429Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
A statistical view on the reference ratio method
Mardia, K., Frellsen, J., Borg, M., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 6 s.Publikation: Konferencebidrag › Paper › Forskning
- Udgivet
Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins
Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning
- Udgivet
Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination
Olsson, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force
Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- 2012
- Udgivet
An Overview of Bayesian Inference and Graphical Models
Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian Methods in Structural Bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 3-48 46 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An efficient null model for conformational fluctuations in proteins
Harder, T. P., Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Olsson, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Structure. 20, 6, s. 1028-1039 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 5765
Flest downloads
-
2312
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1788
downloads
Parallel GPGPU Evaluation of Small Angle X-ray Scattering Profiles in a Markov Chain Monte Carlo Framework
Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1472
downloads
A probabilistic model of RNA conformational space
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet