Thomas Wim Hamelryck

Thomas Wim Hamelryck

Professor

ORCID: 0000-0003-2917-3602

Udgivelsesår:
Alle
1 - 25 ud af 62Pr. side: 25
Sortering: Titel
  1. Udgivet

    Towards a general probabilistic model of protein structure: the reference ratio method

    Frellsen, J., Mardia, K. V., Borg, M., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 125-134 10 s. (Statistics for Biology and Health).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  2. Udgivet

    Toroidal Diffusions and Protein Structure Evolution

    Garcia Portugues, E., Golden, M., Sørensen, Michael, Mardia, K. V., Hamelryck, Thomas Wim & Hein, J., 2018, Applied Directional Statistics: Modern Methods and Case Studies. Ley, C. & Verdebout, H. (red.). CRC Press, 34 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Time-efficient Bayesian Inference for a (Skewed) von Mises Distribution on the Torus in a Deep Probabilistic Programming Language

    Rønning, Ola, Ley, C., Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2021, 2021 IEEE International Conference on Multisensor Fusion and Integration for Intelligent Systems (MFI). IEEE, s. 1-8

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    Sampling Realistic Protein Conformations Using Local Structural Bias

    Hamelryck, Thomas Wim, Kent, J. T. & Krogh, Anders, 2006, I: PLoS ONE. 2, 9, s. e131

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Reconstructing protein structure from solvent exposure using tabu search

    Paluszewski, M., Hamelryck, Thomas Wim & Winter, Pawel, 2006, I: Algorithms for Molecular Biology. 1, s. 14

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem

    Hamelryck, Thomas Wim, Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    Protein structure prediction using tabu search and half-sphere exposure measure

    Paluszewski, M., Hamelryck, Thomas Wim & Winter, Pawel, 2006.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

  10. Udgivet

    Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    Probabilistic models and machine learning in structural bioinformatics

    Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: Statistical Methods in Medical Research. 18, 5, s. 505-26 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    Probabilistic Programming for Voucher Information Extraction: Preliminary Practical Experiences

    Al-Sibahi, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Henglein, Fritz, 2018.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

  14. Udgivet

    Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized

    Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Phaistos user manual

    Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

  16. Udgivet

    Persistent Topology of Protein Space

    Hamilton, W., Borgert, J. E., Hamelryck, Thomas Wim & Marron, J. S., 2022, Research in Computational Topology 2. Springer, s. 223-244 (Association for Women in Mathematics Series, Bind 30).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    Parallel GPGPU Evaluation of Small Angle X-ray Scattering Profiles in a Markov Chain Monte Carlo Framework

    Antonov, L. D., Andreetta, C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, Biomedical Engineering Systems and Technologies. Gabriel, J., Schier, J. & Huffel, S. V. (red.). Springer Science+Business Media, Bind 357. s. 222-235 14 s. (Communications in Computer and Information Science).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    On the Physical Relevance and Statistical Interpretation of Knowledge-Based Potentials

    Borg, M., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, Bayesian Methods in Structural Bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer Publishing Company, s. 97-124 28 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    MyPMFs: a simple tool for creating statistical potentials to assess protein structural models

    Postic, G., Hamelryck, Thomas Wim, Chomilier, J. & Stratmann, D., 2018, I: Biochimie. 151, s. 37-41 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Mocapy++ - a toolkit for inference and learning in dynamic Bayesian networks

    Paluszewski, M. & Hamelryck, Thomas Wim, 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, 6 s., 126.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Mixtures of concentrated multivariate sine distributions with applications to bioinformatics

    Mardia, K. V., Kent, J. T., Zhang, Z., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Journal of Applied Statistics. 39, 11, s. 2475-2492 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Mixture Models for Spherical Data with Applications to Protein Bioinformatics

    Mardia, K. V., Barber, S., Burdett, P. M., Kent, J. T. & Hamelryck, Thomas Wim, 2022, Directional Statistics for Innovative Applications: A Bicentennial Tribute to Florence Nightingale. Springer, s. 15-32 (Forum for Interdisciplinary Mathematics).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  24. Udgivet

    Langevin diffusions on the torus: estimation and applications

    García-Portugués, E., Sørensen, Michael, Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2019, I: Statistics and Computing. 29, 1, s. 1-22 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force

    Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 1 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 5765