Thomas Wim Hamelryck
Professor
Bioinformatik og RNA Biologi
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
Programming Languages and Theory of Computing
Universitetsparken 5
2100 København Ø
- Udgivet
FragBuilder: an efficient Python library to setup quantum chemistry calculations on peptides models
Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, e277.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method
Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals
Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, Wouter, Røgen, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction
Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts
Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins
Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning
- Udgivet
Efficient Generative Modelling of Protein Structure Fragments using a Deep Markov Model
Thygesen, Christian Bahne, Al-Sibahi, A. S., Steenmanns, C. S., Sanz Moreta, Lys, Sørensen, A. B. & Hamelryck, Thomas Wim, 2021, International Conference on Machine Learning, 18-24 July 2021, Virtual. PMLR, s. 10258-10267 (Proceedings of Machine Learning Research, Bind 139).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Diverse bacterial genomes encode an operon of two genes, one of which is a unusual class-I release factor that potentially recognizes atypical mRNA signals other than normal stop codons
Baranov, P., Vestergaard, Bente, Hamelryck, Thomas Wim, Gesteland, Nyborg, J. & Atking, J., 2006, I: Biology Direct. 13, s. 1-28 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational redesign of thioredoxin is hypersensitive towards minor conformational changes in the backbone template
Johansson, Kristoffer Enøe, Johansen, Nicolai Tidemand, Christensen, S., Horowitz, S., Bardwell, J. C. A., Olsen, Johan Gotthardt, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim & Winther, Jakob R., 2016, I: Journal of Molecular Biology. 428, 21, s. 4361-4377 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combining the multicanonical ensemble with generative probabilistic models of local biomolecular structure
Frellsen, J., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2013, Proceedings of the 59th World Statistics Congress of the International Statistical Institute, 2013 . Hague, s. 139-144 6 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning
ID: 5765
Flest downloads
-
2307
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1784
downloads
Parallel GPGPU Evaluation of Small Angle X-ray Scattering Profiles in a Markov Chain Monte Carlo Framework
Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1468
downloads
A probabilistic model of RNA conformational space
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet