Thomas Wim Hamelryck

Thomas Wim Hamelryck

Professor

ORCID: 0000-0003-2917-3602

Udgivelsesår:
Alle
1 - 50 ud af 62Pr. side: 50
Sortering: Titel
  1. Udgivet

    A Generative Angular Model of Protein Structure Evolution

    Golden, M., Garcia-Portugues, E., Sørensen, Michael, Mardia, K. V., Hamelryck, Thomas Wim & Hein, J., aug. 2017, I: Molecular Biology and Evolution. 34, 8, s. 2085-2100

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  2. Udgivet

    A Probabilistic Programming Approach to Protein Structure Superposition

    Sanz Moreta, Lys, Al-Sibahi, A. S., Theobald, D., Bullock, W., Rommes, B. N., Manoukian, Andreas & Hamelryck, Thomas Wim, 2019, 2019 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, CIBCB 2019. Baruzzo, G., Daberdaku, S., Di Camillo, B., Furini, S., Giordano, E. D. & Nicosia, G. (red.). IEEE, 5 s. 8791469

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    A community proposal to integrate structural bioinformatics activities in ELIXIR (3D-Bioinfo Community) [version 1; peer review: 1 approved, 3 approved with reservations]

    Orengo, C., Velankar, S., Wodak, S., Zoete, V., Bonvin, A. M. J. J., Elofsson, A., Feenstra, K. A., Gerloff, D. L., Hamelryck, T., Hancock, J. M., Helmer-Citterich, M., Hospital, A., Orozco, M., Perrakis, A., Rarey, M., Soares, C., Sussman, J. L., Thornton, J. M., Tuffery, P., Tusnady, G. & 3 flere, Wierenga, R., Salminen, T. & Schneider, B., 2020, I: F1000Research. 9, 27 s., 278.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    A generative, probabilistic model of local protein structure

    Boomsma, Wouter, Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, Anders & Hamelryck, Thomas Wim, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    A probabilistic approach to protein structure prediction: PHAISTOS in CASP8

    Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, LASR 2009 — Statistical Tools for Challenges in Bioinformatics. Proceedings. Gusnanto, A., Mardia, K. V. & Fallaize, C. J. (red.). University of Leeds, s. 65-70 6 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    A probabilistic approach to protein structureprediction: PHAISTOS in CASP8

    Borg, M., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K. V., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: School of Mathematics. s. 65-70

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    A probabilistic model of RNA conformational space

    Frellsen, J., Moltke, Ida, Thiim, M., Mardia, K. V., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 6, s. e1000406

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    A simple probabilistic model of multibody interactions in proteins

    Johansson, Kristoffer Enøe & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 81, 8, s. 1340-1350 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    A statistical view on the reference ratio method

    Mardia, K., Frellsen, J., Borg, M., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 6 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Paper › Forskning

  10. Udgivet

    AI Implementation and Capability Development in Manufacturing: An Action Research Case

    Eklöf, Jon, Snis, U. L., Hamelryck, Thomas Wim, Grima, A. & Rønning, Ola, 2024, Proceedings of the 57th Hawaii International Conference on System Sciences - HICSS 2024. Hawaii International Conference on System Sciences, 10 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  11. Accepteret/In press

    Abstraction, mimesis and the evolution of deep learning

    Eklöf, Jon, Hamelryck, Thomas Wim, Last, C., Grima, A. & Snis, U. L., 2024, (Accepteret/In press) I: AI and Society. 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    An Overview of Bayesian Inference and Graphical Models

    Hamelryck, Thomas Wim, 2012, Bayesian Methods in Structural Bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 3-48 46 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    An efficient null model for conformational fluctuations in proteins

    Harder, T. P., Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Olsson, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Structure. 20, 6, s. 1028-1039 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.

    Won, K., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, s. 357

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data

    Antonov, L. D., Olsson, S., Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2016, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 18, 8, s. 5832-5838 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Bayesian inference of protein structure from chemical shift data

    Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e861.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    Bayesian methods in structural bioinformatics

    Hamelryck, Thomas Wim (red.), Mardia, K. (red.) & Ferkinghoff-Borg, J. (red.), 2012, Springer. 377 s. (Statistics for Biology and Health).

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Bayesian protein superposition using Hamiltonian Monte Carlo

    Sanz Moreta, Lys, Al-Sibahi, A. S. & Hamelryck, Thomas Wim, okt. 2020, Proceedings - IEEE 20th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2020. IEEE, s. 1-11 9288019

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Beyond rotamers: a generative, probabilistic model of side chains in proteins

    Harder, T., Boomsma, Wouter, Paluszewski, M., Frellsen, J., Johansson, Kristoffer Enøe & Hamelryck, Thomas Wim, 1 jan. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 306

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Bioinformatic and experimental analysis of the secondary structure of amelogenin

    Vilhjalmsson, B., Rasmussen, Anne, Fabi, B., van de Weert, Marco, Hamelryck, Thomas Wim & Lemoult, S., 1 nov. 2007, I: European Cells and Materials. 14, SUPPL.2, 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics

    Cock, P. J. A., Antao, T., Chang, J. T., Chapman, B. A., Cox, C. J., Dalke, A., Friedberg, I., Hamelryck, Thomas Wim, Kauff, F., Wilczynski, B. & de Hoon, M. J. L., 2009, I: Bioinformatics. 25, 11, s. 1422-3 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Calculation of accurate small angle X-ray scattering curves from coarse-grained protein models

    Stovgaard, K., Andreetta, C., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 1 jan. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 429

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Combining the multicanonical ensemble with generative probabilistic models of local biomolecular structure

    Frellsen, J., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2013, Proceedings of the 59th World Statistics Congress of the International Statistical Institute, 2013 . Hague, s. 139-144 6 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning

  24. Udgivet

    Computational redesign of thioredoxin is hypersensitive towards minor conformational changes in the backbone template

    Johansson, Kristoffer Enøe, Johansen, Nicolai Tidemand, Christensen, S., Horowitz, S., Bardwell, J. C. A., Olsen, Johan Gotthardt, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim & Winther, Jakob R., 2016, I: Journal of Molecular Biology. 428, 21, s. 4361-4377 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Diverse bacterial genomes encode an operon of two genes, one of which is a unusual class-I release factor that potentially recognizes atypical mRNA signals other than normal stop codons

    Baranov, P., Vestergaard, Bente, Hamelryck, Thomas Wim, Gesteland, Nyborg, J. & Atking, J., 2006, I: Biology Direct. 13, s. 1-28 28 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Udgivet

    Efficient Generative Modelling of Protein Structure Fragments using a Deep Markov Model

    Thygesen, Christian Bahne, Al-Sibahi, A. S., Steenmanns, C. S., Sanz Moreta, Lys, Sørensen, A. B. & Hamelryck, Thomas Wim, 2021, International Conference on Machine Learning, 18-24 July 2021, Virtual. PMLR, s. 10258-10267 (Proceedings of Machine Learning Research, Bind 139).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  27. Udgivet

    Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins

    Bottaro, S., Boomsma, Wouter, Johansson, Kristoffer Enøe, Andreetta, C., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning

  28. Udgivet

    Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

    Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  29. Udgivet

    Evolving hidden Markov models for protein secondary structure prediction

    Won, K. J., Hamelryck, Thomas Wim, Prügel-Bennett, A. & Krogh, Anders, 2005, The 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005: Proceedings. IEEE, Bind 3. s. 33-40 8 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals

    Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, Wouter, Røgen, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Udgivet

    Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method

    Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  32. Udgivet

    FragBuilder: an efficient Python library to setup quantum chemistry calculations on peptides models

    Christensen, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2014, I: PeerJ. 2, e277.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Udgivet

    Full cyclic coordinate descent: solving the protein loop closure problem in Cα space

    Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2005, I: BMC Bioinformatics. 6, 10 s., 159.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  34. Udgivet

    GISA: using Gauss Integrals to identify rare conformations in protein structures

    Grønbæk, Christian, Hamelryck, Thomas Wim & Røgen, P., 2020, I: PeerJ. 8, 16 s., e9159.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  35. Udgivet

    Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination

    Olsson, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  36. Udgivet

    Graphical models and directional statistics capture protein structure

    Boomsma, Wouter, Kent, J. T., Mardia, K. V., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2006, Interdisciplinary Statistics and Bioinformatics. Barber, S., Baxter, P. D., Mardia, K. V. & Walls, R. E. (red.). Leeds University Press, s. 91-94 4 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  37. Udgivet

    Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data

    Olsson, S., Frellsen, J., Boomsma, Wouter, Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: PLoS ONE. 8, 11, 7 s., e79439.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. Udgivet

    Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force

    Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2011. 1 s.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

  39. Udgivet

    Langevin diffusions on the torus: estimation and applications

    García-Portugués, E., Sørensen, Michael, Mardia, K. V. & Hamelryck, Thomas Wim, 2019, I: Statistics and Computing. 29, 1, s. 1-22 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. Udgivet

    Mixture Models for Spherical Data with Applications to Protein Bioinformatics

    Mardia, K. V., Barber, S., Burdett, P. M., Kent, J. T. & Hamelryck, Thomas Wim, 2022, Directional Statistics for Innovative Applications: A Bicentennial Tribute to Florence Nightingale. Springer, s. 15-32 (Forum for Interdisciplinary Mathematics).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  41. Udgivet

    Mixtures of concentrated multivariate sine distributions with applications to bioinformatics

    Mardia, K. V., Kent, J. T., Zhang, Z., Taylor, C. C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2012, I: Journal of Applied Statistics. 39, 11, s. 2475-2492 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. Udgivet

    Mocapy++ - a toolkit for inference and learning in dynamic Bayesian networks

    Paluszewski, M. & Hamelryck, Thomas Wim, 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, 6 s., 126.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  43. Udgivet

    MyPMFs: a simple tool for creating statistical potentials to assess protein structural models

    Postic, G., Hamelryck, Thomas Wim, Chomilier, J. & Stratmann, D., 2018, I: Biochimie. 151, s. 37-41 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. Udgivet

    On the Physical Relevance and Statistical Interpretation of Knowledge-Based Potentials

    Borg, M., Hamelryck, Thomas Wim & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, Bayesian Methods in Structural Bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer Publishing Company, s. 97-124 28 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  45. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  46. Udgivet

    Parallel GPGPU Evaluation of Small Angle X-ray Scattering Profiles in a Markov Chain Monte Carlo Framework

    Antonov, L. D., Andreetta, C. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, Biomedical Engineering Systems and Technologies. Gabriel, J., Schier, J. & Huffel, S. V. (red.). Springer Science+Business Media, Bind 357. s. 222-235 14 s. (Communications in Computer and Information Science).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  47. Udgivet

    Persistent Topology of Protein Space

    Hamilton, W., Borgert, J. E., Hamelryck, Thomas Wim & Marron, J. S., 2022, Research in Computational Topology 2. Springer, s. 223-244 (Association for Women in Mathematics Series, Bind 30).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  48. Udgivet

    Phaistos user manual

    Boomsma, Wouter, Bottaro, S., Hamelryck, Thomas Wim, Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, Kristoffer Enøe, Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

  49. Udgivet

    Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized

    Hamelryck, Thomas Wim, Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, Wouter, Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. Udgivet

    Probabilistic Programming for Voucher Information Extraction: Preliminary Practical Experiences

    Al-Sibahi, A. S., Hamelryck, Thomas Wim & Henglein, Fritz, 2018.

    Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

Forrige 1 2 Næste

ID: 5765